Характеристики PDB-файла. Биологические единицы.

Технические характеристики записи 1J2R банка PDB

• Разрешение - 1.3Å
• Число рефлексоа - 155206
• Полнота - 85.9%
• R-фактор - 0.145
• Свободный R-фактор - 0.165
• Число рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора - 8200 (5.000%)
• Кристаллографическая группа и тип симметрии - P 21 21 2
• Длины векторов a, b, c - 140.502, 108.886, 50.419
• Ортогональны ли базисные периоды - Да
• Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой - Да
• Совпадает ли биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле - Да
• Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1 - Нет

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов белка из 1J2R

Для вычисления был взят атом №3905 (CA атом серина 148 цепи С) с координатами R = (61.635, 31.601, 13.86). Вычисление производилось по формуле:

R` = R * A + B, где А - матрица из поля SCALE, B - вектор сдвига из поля SCALE.

    || 0.007117  0.000000  0.000000 ||
A = || 0.000000  0.009184  0.000000 || , B = (0, 0, 0)
    || 0.000000  0.000000  0.019834 ||

Отсюда R` = (0.439, 0.290, 0.275) - это и есть относительные координаты данного атома.

Аcимметрическоя и биологическая единицы

C сервера PDBe был получен файл с биологической единицей записи PDB 2PUB

Асимметрическая единица слева, биологическая единица справа

Анализируя только асимметрическую единицу не возможно получить информацию о взаимодействии макромолекул, а именно, каким образом взаимодействуют субъединицы белка между собой и с молекулой ДНК.

2010 ^©