Электронная плотность

Задание 1.

Для записи 2B5A банка PDB была получена карта электронной плотности. Оба файла были загружены в PyMOL. Молекула, описанная в 2B5A состоит из четырех одинаковых полипептидных цепей, но для остатка Glu21 цепи С были предсказаны две конформации, тогда как для аналогичных остатков других цепей только одна (красным обозначена поверхность уровня 1.0 электронной плотности, а черным - уровня 0.5):

Остаток глутаминовой кислоты цепи С


Остаток глутаминовой кислоты цепи A

Обе конформации остатка E21C подтверждаются электронной плотностью, а для остатка E21A область электронной плотности описывает единственное положение боковой цепи остатка.

Задание 2.

В PyMOL были импортированны координаты молекулы (запись 1J2R банка PDB) и файл с электронной плотностью для нее. Для исследования был выбран триптофан 69 цепи А (красным обозначена поверхность уровня 1.0 электронной плотности, а черным - уровня 0.5):

Триптофан 69 цепи А.

Электронная плотность даже уровня 0.5 с высокой точностью соответствует положению атомов остатка, описанныx в PDB, что подтверждает высокое разрешение структуры молекулы (1.30 Å)

Файл с описанием электронной плотности был получен с http://eds.bmc.uu.se/eds/

2010 ^©