Программы DSSP и HBplus

Задание 1.

С помощью программы DSSP была определена вторичная структура белка, описанного в записи PDB 1J2R. Программой были обнаружены по шесть α-спиралей и β-тяжей для каждой цепи. (файл в формате DSSP), (β-тяжи, найденные программой), (α-спирали, найденные программой)

При сравнении найденных структурных элементов с теми, которые описанны в полях HELIX и SHEET PDB файла 1J2R, было выяснено, что β-тяжи программа DSSP нашла такие же, как и в PDB файле, не были обнаружены 1, 2 и 4 α-спирали из PDB, а остальные отличаются краями на одну-две аминокислоты.
(β-тяжи, описанные в PDB), (α-спирали, описанные в PDB)

Задание 2.

По данным выходного файла DSSP положительные углы φ имеют следующие остатки:

37, 59, 68, 102, 120, 131, 139, 157 глицины цепей A, B, C и D;
26 аспартат и 73 тирозин цепей A, B, C и D;
12 метеонин цепей A и D, 13 лейцин цепи C и 15 лейцин цепи B.

Цепь D белка, зеленым изображены остатки с положительным φ, синим - β-тяжи, красным - α-спирали по данным DSSP.
Для получения изображения был написан скрипт PyMOL

Задание 3.

С помощью программы HBPlus были определены водородные связи в цепи А молекулы, описанной в записи 1J2R банка PDB. (выходной файл)
По выходным данным HBPlus были найдены примеры атомов, образующих водородные связи, выполняющие различные функции в молекуле (сферами на картинках изображены атомы, образующие водородную связь):

Водородные связи, стабилизирующие α-спираль

Водородные связи, стабилизирующие β-лист

Водородная связь между белком и лигандом

Водородная связь между атомами боковых цепей остатков

Водородные связи между атомами боковых цепей и остовным атомом

Водяные мостики