Вычисление параметров для молекулярной механики
$DATA
eth
C1
C
C 1 cc
H 2 ch 1 cchv
H 2 ch 1 cch 3 d1 0
H 2 ch 1 cch 3 d2 0
H 1 ch 2 cch 3 d3 0
H 1 ch 2 cch 5 d3 0
H 1 chv 2 cch 4 d3 0
cc=1.52986
ch=1.08439
chv=1.08439
cch=111.200
cchv=111.200
d1=120
d2=-120
d3=180
$END
Выявление зависимости энергии от длины связи С-С (константа сс)
Создал файл заготовку et.inp, скопировав заголовок из предыдущего практикуда для dft и заменив COORD=CART на COORD=ZMT. Запустил GAMESS. (выходной файл)
Создал и запустил bash скрипт, который создает 21 файл с разными значениями переменной cc, запускает для каждого GAMESS, потом закомментировал запуск GAMESS и дописал строчку для того, чтобы сохранить полученные значения энергии из выходных файлов GAMESS в файл bond.
С помощью gnuplot построил график зависимости энергии от длины связи и построил параболу (f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b), которая наилучшим образом описывае наблюдаемые значения, подогнав коэффициенты.
Полученные значения энергии и парабола с подогнанными коэффициентами
Выявление зависимости энергии от величины торсионного угла d3 (константа d3)
Полученные значения энергии и парабола с подогнанными коэффициентами
Выявление зависимости энергии от величины валентного угла HCH (константа cchv)
Проделал операции, аналогично предыдущему, но не проводил подгонку кривой:
(скрипт) (значения энергии)
Полученные значения энергии
Как видно из графика, функция зависимости энегрии от значения торсионного угла имеет три минимума.
2011
©