Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
Построение выравнивания последовательности из 1LMP (pdb id) и лизоцима верблюда (lysc_camdr)
Получил последовательность из 1LMP c сайта www.pdb.org. С помощью Clustal построил выравнивание последовательностей, добавил в файл дополнительные параметры для Modeller (файл .pir).
Подготовка файла со структурой
В текстовом редакторе удалил из pdb файла всю воду и переименовал атомы лиганда так, чтобы имена не повторялись и вместо трех остатков был один, содержащий атомы из всех трех. (файл .ent)
Создание управляющего скрипта
На основе предоставленного примера был написан управляющий скрипт lysc_camdr.py. В качестве трех водородных связей, которые должны остаться в новой структуре были выбраны следующие: ND2:46:A → O1L:131:B, N:110:A → O6C:131:B, O:108:A → N2B:131:B (нумерация по новой структуре). Связи, образуемые остовными атомами, были выбраны из-за того, что не было водородных связей лиганда с радикалами, которые могли бы остаться в новой структуре, так как в соответствующих позициях выравнивания были замены.
Скрипт был запущен с помощью mod9v7.
Выбор лучшей модели
Было получено 5 моделей структуры.
Полученные модели (разноцветные) и известная структура (черная)
Полученные структуры очень похожи на известную. Это можно объяснить высоким сходством последовательностей. Для того, чтобы выбрать лучшую модельную структуру воспользовался двумя инструментами сервиса WHATIF: Anomalous bond angles и Proline puckering.
В итоге в качестве лучшей структуры я выбрал 2, несмотря на то, что в ней 2 пролина имеют нетрадиционную конформацию, так как в этой структуре наименьшее количество аномальных углов связи.
