Множественное выравнивание последовательностей

Программа "muscle"

С помощью SRS были получены последовательности 34 вирусных белков, называемых "дельта-антигенами" (запрос: ([swissprot-Taxonomy:Deltavirus*] & [swissprot-Description:delta*])). Затем последовательности в формате fasta были импортированны в "GeneDoc" и вручную было построенно выравнивание.

файл с последовательностями "дельта-антигенов" в формате fasta

последовательности "дельта-антигенов" в формате msf

построенное вручную выравниваниев в формате fasta

построенное вручную выравнивание в формате msf

С помощью программы "muscle" было построенно множественное выравнивание последовательностей "дельта-антигенов":

выравнивание "muscle" в формате fasta

выравнивание "muscle" в формате msf

Благодаря высокому сходству последовательностей, выравнивание, постоенное вручную, содержит большие фрагменты, идентичные фрагментам выравнивания, которое было получено с помощью "muscle". Но выравнивание вручную даже этих, сильно схожих последовательностей потребовало затраты некоторых усилий.

Выравнивание набора гомологов белка YECD_ECOLI

С помощью blastp были выбраны 8 последовательностей белков разных бактерий, вероятно гомологичные YECD_ECOLI (E-value≤0.001).

С помощью программы "muscle" было построенно множественное выравнивание.

Выравнивание в формате fasta

По выравниванию можно выделить несколько участков с повышенной долей консервативных остатков, а так же участки, на которых выравнивание не выглядит убелительно:

2008 ^©