Алгоритмы реконструкции деревьев

1. 

С помощью программы retree получил укорененное дерево, в котором укоренение
произошло в ветку {STAA1, STAES} против {LISMO, LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}.
Такое укоренение не совпадает с настоящим, т.к. в настоящем древе укоренение происходит в ветвь 
{LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}.

Нельзя укоренить в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной экономии, потому что для этого необходимы расстояния, 
которые не рассчитываются в методе максимальной экономии, т.к. в нем не используется гипотеза молекулярных часов.

Также, такой алгоритм нельзя использовать для деревьев построенных методом UPGMA,
т.к. они уже укореннены.



2.

Полученное с помощью использования внешней группы дерево не отличается от настоящего,
но укоренение было совершено в ветвь {LACLM, STRP1, STRPN, LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA}, 
а не в {LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}, как в настоящем дереве.

Красным выделен корень (без учета внешней группы). 



3.

Консенсусное дерево, полученное по 100 бутстрэпам.


                                   +-------STAA1
          +------------------100.0-|
          |                        +-------STAES
          |
  +-------|                       +-------STRP1
  |       |               +--81.8-|
  |       |       +--88.5-|       +-------STRPN
  |       |       |       |
  |       +--94.2-|       +---------------LACLM
  |               |
  |               +-----------------------LACDA
  |
  +---------------------------------------LISMO


Полученное дерево полностью совпадает с настоящим, если его правильно укоренить на ветке
{LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} против {LISMO, STAA1, STAES}. 
По полученному дереву видно, что наибольшие значенияполучили ветви, 
наиболее консервативные в других деревьях:
{STAA1, STAES} против {LISMO, LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} и
{LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} против {LISMO, STAA1, STAES}.

Остальные ветки (без номеров на рисунке) встречались реже (не более 9 раз из 100 бутстрэпов, 
но были правильно изображены на дереве).


..**...                     8.67
...**..                     8.50
.***.**                     5.83
.*.*...                     5.50
.**.*..                     3.00
.*.**..                     2.50
.*..*..                     1.50


Вывод: 
Разные методы предсказания филогенетического дерева по моему белку давали разные результаты + 
плохо укоренялись, => белок не очень подходит для предсказания филогенетического дерева данных видов. 
 
Тем не менее, лучшим способом построения деревьев (по моиму белкку) можно считать построение
дерева по результатам бутстэп-анализа.