Программы пакета Blast

1. Поиск гомологов белка SODM_BACSU в геноме бактерии Paenibacillus polymyxa;
   
   

   Число находок с E-value < 0,001	1
   E-value лучшей находки	1e-82
   Название последовательности с лучшей находкой	embl|CP002213|CP002213 Paenibacillus polymyxa SC2, complete genome.
   Координаты лучшей находки (от-до)	881259–881855
   Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой	98%

   
   
   
2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN;
   Последовательность присутствует в записи AB00063.
   Координаты заданной последовательности: 1101-1220. Последовательность соответствует самой записи.
   В поле FT описан участок, включающий в себя заданную последовательность, с координатами 741-1856. Напраление прямое.
   
   
3. Поиск гомологов гена белка SODM_BACSU в геноме бактерии Paenibacillus polymyxa;
   
   

   E-value лучшей находки	3e-63
   Название геномной последовательности в файле	embl|CP002213|CP002213 Paenibacillus polymyxa SC2, complete genome
   Координаты находки в этой последовательности	881666–881272

   
   Предпочтительнее использовать программу tblastn, так как у гомолога, найденного этой программой лучше и e-value, и длина выравнивания (даже если считать длину выравнивания blastn в нуклеотидах, если же перевести код в аминокислотный, разрыв будет еще больше).
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   

   ---

   ©Умарова, 2009