Главная cтраничка сайта

Первый семестр

Второй семестр

Занятие 9. Множественное выравнивание последовательностей.

  1. Muscle и GeneDoc

    1. Картинка с последовательностями малых дельта-антигенов, см. delta. Это невыровненные последовательности.
    2. Картинка выравненных последовательностей, см. delta-aligned.
      Число консервативных позиций заметно увеличилось. если до выравнивания наверняка нельзя было сказать ничего о гомологичности последовательностей, то после выравнивания это заметно сразу.

  2. Выравнивание набора гомологов своего белка

    3. Полученные гомологи:(первая последовательность соответсвует моему белку YESX_BACSU)
    fibronectin type 3 domain-containing protein [Sanguibacter keddieii DSM 10542]
    FG-GAP repeat-containing protein [Arthrobacter aurescens TC1];
    cellulose-binding protein [Micromonospora sp. ATCC 39149];
    hypothetical protein Jden_0215 [Jonesia denitrificans DSM 20603];
    secreted glycosyl hydrolase [Streptomyces coelicolor A3(2)];
    rhamnogalacturonan lyase [Streptomyces avermitilis MA-4680].

    множественное выравнивание своего белка и всех найденных гомологов в GeneDoc.
    Есть ли участки с повышенной долей консервативных позиций?
    Да, Есть.
    Где они находятся (нужно указать координаты как столбцам выравнивания, так и по остаткам вашего белка)?
    от (lcl|80906, 165) и до (lcl|80906, 204);
    от (lcl|80906, 259) и до (lcl|80906, 305);
    от (lcl|80906, 323) и до (lcl|80906, 386);
    от (lcl|80906, 511) и до (lcl|80906, 548).
    Есть ли участки, где выравнивание недостоверно, то есть скорее всего не имеет биологического смысла (если есть, укажите их координаты)?
    Я не заметила.
     

Ссылка на Google

Kodomo

© Сергеева Ирина 2009-2011