Программа MEME
-
Bыдача программы — файл "memeout.txt".
1)Сколько мотивов найдено?
Ответ: Найдено 3 мотива.
2)
во всех ли последовательностях он нашёлся?
Ответ:Да, во всех.
координаты и P-value в вашей последовательности (yesX_Bacsu),
Ответ: координаты: 137-186;
P-value: 8.83e-57
характеристики: длину и относительную энтропию?
Ответ: Длина: 50;
относительная энтропия: 181.4 bits
- Для 2-ого мотива:
во всех ли последовательностях он нашёлся?
Ответ:Да, во всех.
координаты и P-value в вашей последовательности (yesX_Bacsu),
Ответ: координаты: 545-593;
P-value: 1.44e-55
характеристики: длину и относительную энтропию?
Ответ: Длина: 49;
относительная энтропия: 174.6 bits
- Для 3-его мотива:
во всех ли последовательностях он нашёлся?
Ответ:Да, во всех.
координаты и P-value в вашей последовательности (yesX_Bacsu),
Ответ: координаты: 265-314;
P-value: 8.86e-57
характеристики: длину и относительную энтропию?
Ответ: Длина: 50;
относительная энтропия: 174.8 bits
-
Выравнивание, в котором выделены цветами границы мотивов, лежит здесь. Причем красным цветом отмечены границы 1-ого мотива, зеленым – 2-ого мотива, А желтым – 3-его мотива.
-
Поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов моего белка YESX_BACSU, взятое из Pfam, см.здесь.
- в скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов?
Ответ: Ни в одной из последовательностей не нашелся мотив.
- в скольких нашлись все мотивы?
Ответ: Ни в одной.
- соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам?
Ответ: нет.
|