Занятие 1. Введение в PyMOL.

  1. С помощью команды get_pdb 1kmy на kodomo-count была получена запись 1KMY банка PDB. В ней содержится информация о структуре 2,3-дигидроксибифенил 1,2-диоксигеназы. В программе-визуализаторе PyMOL посредством следующих команд был определен ион, присутствующий в структуре: 
    show sphere,  het
hide nonbonded
hide everything, symbol c
hide everything, symbol n+o
    Таким образом на экране остался только ион железа (Fe2+). Чтобы показать и сохранить как изображение окрестность иона, включая все остатки и лиганды, которые образуют с ионом координационные связи (иначе говоря, хотя бы один из их атомов должен находиться на расстоянии менее 3.5 ангстрем от иона железа), были введены следующие команды: 
    show sticks, byres symbol fe around 3.5
set sphere_scale, 0.3, symbol fe
ray
png 1kmy.png

    Как видно из картинки ион железа образует координационные связи с двумя гистидинами (HIS146 и HIS210), глутаминовой кислотой (GLU260), а также с лигандом бифенил-2,3-диолом (BPY).
  2. Работа в PyMOL с различными PDB-файлами.
    • Структура в записи 1GTO была расшифрована в 1996 году с разрешением 1,82 ангстрем. По заданию надо изучить участок цепи C с 75 по 100 остатки. Однако в данном файле нет такого участка! Цепь C начинается со 101 остатка.
    • Структура в записи 1DLP была расшифрована в 1999 году с разрешением 3,30 ангстрем. Согласно записи остаток 136 цепи А - это аспарагин, однако он имеет странную форму: С атом при остовной карбоксильной группе оказывается связан с остовным N атомом этого же остатка, а СВ атом с OD1 и ND2, что не соответствует реальной структуре аспарагина. Такая же проблема и у 167 остатка цепи С - аргинина. Его остовный атом N связан с С атомом.

      В поле REMARK (REMARK 480) есть запись об остатках, чьи местоположение и свойства не заслуживают доверия. В этот список входят и ASN136 цепи А, и ARG167 цепи С. Также в REMARK есть информация, что ASN136 содержит псевдо-плоскость.
  3. Ниже представлен скрипт для PyMOL, результатом работы которого станет изображение в графическом окне, иллюстрирующее задание с 1DLP. 
          cd H:\Term5\Practice1
      load 1DLP.pdb
      hide nonbonded
      hide lines
      show sticks, a/136/
      show sticks, c/167/
      ray
      png 1dlp.png
Меню
· Главная
· Результаты исследований
· Семестры
· Полезные ссылки
 · Контакты
© Ирина Поверенная, 2008