В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных кон формации,
такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. Файл с электронной плотностью для данной записи:
2b5a.omap. В программе PyMol было получено
изображение глутамина 21 цепи С с обеими конформациями и наложенными поверхностями уровней 0.5 и 1.0 электронной плотности
в окрестности остатка:
Изображение глутамина 21 цепи С с обеими
конформациями и поверхностью уровня 0.5 электронной плотности. Изображение глутамина 21 цепи С с обеими
конформациями и поверхностью уровня 1.0 электронной плотности.
Желтым обозначена поверхность электронной плотности уровня 1.0, а белым - уровня 0.5.
Из рисунка видно, что вокруг связи CG-CD низкая электронная плотность, особенно в конформации B (на рисунке слева-вверху).
Аналогичные изображения были созданы для глутамина 21 цепи B:
Изображение глутамина 21 цепи B с поверхностью уровня 0.5 электронной плотности. Изображение глутамина 21 цепи B поверхностью уровня 1.0 электронной плотности.
С сайта http://eds.bmc.uu.se/eds/ был получен файл с
электронной плотностью для записи 1KNP.
Была рассмотрен аргинин 465 цепи А. Изображение данного остатка с его электронной плотностью:
Желтым обозначена поверхность электронной плотности уровня 1.0, а белым - уровня 0.5.
