Занятие 1. Банк последовательностей белков UniProt

Задание 2. Таблица, созданная на основе документа P10902.txt из банка UniProt.

  Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC P10902; P78099; Q2MAF6
Идентификатор записи в БД ID NADB_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE Рекомендованное название: L-аспартат оксидаза (краткое название: LASPO).
Аннотированное название: хинолинат синтетаза B
Дата создания документа DT 01-JUL-1989, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot
Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008, entry version 97
Число публикаций, использованных при создании документа RN 8
Журнал и год самой поздней публикации RL Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006)
Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Cycenterlasm; Direct protein sequencing;
FAD; Flavoprotein; Oxidoreductase; Pyridine nucleotide biosynthesis.
Что содержит поле комментариев? CC Функция: белок катализирует окисление L-аспартата в иминоаспартат
Каталитическая активность: L-аспартат + H2O + O2 = оксалоацетат + NH3 + H2O2
Кофактор: ФАД (флавинадениндинуклеотид)
Процессы, в которых учавствует белок: биосинтез кофактора; биосинтез NAD+; получение иминоаспартата из L-аспартата (путь оксидазы): шаг 1/1
Субъединица: мономер
Внутриклеточное расположение: цитоплазма
Сходство: принадлежит к семейству ФАД-зависимая оксидоредуктаза 2. подсемейство Nadb.
Идентификаторы записей PDB DR 1CHU; 1KNP; 1KNR

 

Задание 3.

  Мутации в каких аминокислотных остатках могут нарушить связывание этого белка с флавинадениндинуклеотидом?
 Мутации в остатках 12-26 могут нарушить связывание этого белка с флавинадениндинуклеотидом, т.к. именно они потенциально образовывают с ним неполярные связи.
 Данная информация находится в поле с меткой FT.

Задание 4. Таблица количества записей в UniProt, схожих по описанию на белок NADB_ECOLI.

 Запрос  Число записей
в SwissProt		 Число записей
в TrEMBL
"L-aspartate oxidase"37741
LASPO379
EC=1.4.3.16 37564
"Quinolinate synthetase B"37 32
Задание 5. Таблица сравнения белка NADB_ECOLI и NADB_ECO57.
  Метка поля Белок 1 Белок 2
Первый код доступа AC P10902 Q8XA23
Идентификатор последовательности в БД ID NADB_ECOLI NADB_ECO57
Название (краткое описание) белка DE Рекомендованное название: L-аспартат оксидаза (краткое название: LASPO). Аннотированное название: хинолинат синтетаза B Рекомендованное название: L-аспартат оксидаза (краткое название: LASPO). Аннотированное название: хинолинат синтетаза B
Дата создания документа DT 01-JUL-1989 30-AUG-2002
Дата последнего исправления аннотации DT 16-DEC-2008 16-DEC-2008
Название организма OS Escherichia coli (strain K12) Escherichia coli O157:H7
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Длина последовательности SQ 540 540
Молекулярная масса белка SQ 60337 MW 60379 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 8 2
Журнал и год самой поздней публикации RL Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006) DNA Res. 8:11-22(2001)
Описание вторичной структуры FT Указаны координаты всех альфа-спиралей, бета-тяжей и поворотов -
Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Cycenterlasm; Direct protein sequencing; FAD; Flavoprotein; Oxidoreductase; Pyridine nucleotide biosynthesis. Complete proteome; Cycenterlasm; FAD; Flavoprotein; Oxidoreductase; Pyridine nucleotide biosynthesis
Темы, освещённые в комментариях CC Функция: белок катализирует окисление L-аспартата в иминоаспартат
Каталитическая активность: L-аспартат + H2O + O2 = оксалоацетат + NH3 + H2O2
Кофактор: ФАД (флавинадениндинуклеотид)
Процессы, в которых учавствует белок: биосинтез кофактора; биосинтез NAD+; получение иминоаспартата из L-аспартата (путь оксидазы): шаг 1/1
Субъединица: мономер
Внутриклеточное расположение: цитоплазма
Сходство: принадлежит к семейству ФАД-зависимая оксидоредуктаза 2. подсемейство Nadb.		 Функция: белок катализирует окисление L-аспартата в иминоаспартат.
Каталитическая активность: L-аспартат + H2O + O2 = оксалоацетат + NH3 + H2O2
Кофактор: ФАД (флавинадениндинуклеотид)
Процессы, в которых учавствует белок: биосинтез кофактора; биосинтез NAD+; получение иминоаспартата из L-аспартата (путь оксидазы): шаг 1/1
Субъединица: мономер
Внутриклеточное расположение: цитоплазма
Сходство: принадлежит к семейству ФАД-зависимая оксидоредуктаза 2. подсемейство Nadb.
Особенности последовательности
 FT участок 12-26, потенциально неполярно взаимодействующий с флавинадениндинуклеотидом; 2 активных центра; 2 конфликтных участка: 160 и 485, где серин может быть замененным на треонин, и аспарагин на аспаргиновую кислоту соответственно; а также координаты альфа-спиралей, бета-тяжей и поворотов участок 12-26, потенциально неполярно взаимодействующий с флавинадениндинуклеотидом; 2 активных центра
Идентификаторы записей PDB DR 1CHU; 1KNP; 1KNR -
 Из таблицы можно сделать вывод, что несмотря на одну и ту же функцию и принадлежность к одному и тому же виду, данные белки все-таки немного различаются по строению. Также можно заметить, что белок NADB_ECOLI был изучен раньше и более подробно, чем белок NADB_ECO57.
Дополнительное задание.
В банке UniProt есть только один белок с третичной структурой, чье описание близко описанию белка NADB_ECOLI: NADB_SULTO.
Меню
· Главная
· Результаты исследований
· Семестры
· Полезные ссылки
 · Контакты
© Ирина Поверенная, 2008