Второй семестр
Программы, с которыми мы работали: программы пакета EMBOSS (matcher, needle, water), GeneDoc, Putty, Telnet. Учились работать в UNIX. Работали с базами данных :Prosite, Uniprot/SWISS-Prot, TrEMBL, Pfam, PDB и т.д, с поисковыми системами: SRS, BlastP, PSI-Blast.
Вообще говоря, если за первый семестр я узнал много, то за второй я узнал просто огромное количество новой информации. Во втором семестре мы занимались сравнением биологических текстов на примере сравнения аминокислотных последовательностей. Я научился получать конкретную информацию с помощью различных банков данных, строить различные выравнивания - локальное, глобальное и множественное, а соответственно строить матрицы аминокислотных замен, профили, паттерны. В этом семестре мы реально "почувствовали на себе" многие инструменты, которыми пользуются биоинформатики всего мира.
Более или менее, но результаты этого семестра:
  1. Поиск в банках аминокислотных последовательностей белков с теми же функциями, что и Сукцинат дегидрогеназа, часть А из кишечной палочки (Succinate dehydrogenase, unit A from E.coli) (SdhA)
    2.
  2. Алгоритмы попарного выравнивания

  3. BlastP

  4. Описание общей доменной структуры Сукцинат дегидрогеназы, часть А из кишечной палочки и известных мотивов в его аминокислотной последовательности
    5.
  5. Филогенетические деревья.
    6.
Заглавная страница