Итак, заданы исходный (ТТТ - Phe) и конечный (CCA - Pro) кодоны. Требуется изобразить в виде схемы все возможные минимальные пути превращения первого кодона во второй, не проходящие через стоп-кодоны.
Очевидно, что "элементарная" цепь перехода в данном случае будет включать в себя 3 этапа (соответствие замене 1 нуклеотида на каждом таком этапе). Максимальное число таких "элементарных" цепей соответствует 6. Так получается следующая элементарная схема:
Далее следует преобразовать эту схему (усложнения не избежать, ведь появляются дополнительные данные); условные обозначения:
Тут черновой вариант схем.
Определение среднего значения Ка (числа несинонимичных замен на 1 несинонимичный сайт) и Кs (числа синонимичных замен на 1 синонимичный сайт) по всем возможным путям:
| Число несинонимичных замен | Число синонимичных замен | Среднее число несинонимичных сайтов | Среднее число синонимичных сайтов | |
| 1ый путь | 2 | 1 | 2 2/9 | 7/9 |
| 2ой путь | 2 | 1 | 2 1/9 | 8/9 |
| 3ий путь | 2 | 1 | 2 2/9 | 7/9 |
| 4ый путь | 2 | 1 | 2 2/9 | 7/9 |
| 5ый путь | 2 | 1 | 2 2/9 | 7/9 |
| 6ой путь | 3 | 0 | 2 1/3 | 2/3 |
| Сумма | 13 | 5 | 13 1/3 | 4 2/3 |
Ка = 13 / 13 1/3 = 39/40;
Кs = 5 / 4 2/3 = 15/14;
Ка/Кs = 0,91 <1.
Итак, что получилось: отношение "усредненных" Ка к Кs меньше 1 (стабилизирующий отбор), но не намного - по такому значению можно говорить и о нейтральной эволюции . Такой результат следует считать приемлимым, так как "обсчитывались" все возможные кратчайшие пути перехода с учетом их равновероятности (как в однопараметрической модели Джукса-Кантора). Хотя в реальной жизни это едва ли так ( неравновероятны события замены нуклеотидов в двухпараметрической модели Кимура)... к тому же понятие Ка/Кs - для последовательности, а рассматривалось все в пределах одного кодона.