Занятие 8. Метаболические пути. KEGG.


  • Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

    • Субстрат Продукт
    Название: Цистеин(Cysteine) Пируват(Pyruvate)
    Идентификатор KEGG C00097 C00022
    Структурные формулы:

  • Поиск метаболического пути.



  • Описание последовательности реакций.

    • Опишите выбранную Вами последовательность реакций. Укажите общее число этапов превращения субстрата в продукт. Затем переведите карту в режим "Reference pathway (Reaction)" и опишите каждый этап в таблице, образец которой приводится ниже. Если общее число этапов больше трех, можете ограничиться первыми тремя.

    Таблица 1. Возможный путь превращения цистеина в аспарагин по данным метаболической карты метаболизм таурина и гипотаурина
    (указаны первые 3 этапа из 4.)    .

    Этап Ферментативная реакция EC number R number
      1 L-Cysteine + Oxygen <=> 3-Sulfino-L-alanine  EC 1.13.11.20 R00893
      2 3-Sulfino-L-alanine <=> Hypotaurine + CO2 4.1.1.15,4.1.1.29 R02466
      3 Hypotaurine + NAD+ + H2O <=> Taurine + NADH + H+ 1.8.1.3 R01681

  • Исследование метаболического пути в других организмах

    • Таблица 2. Возможность пути превращения цистеина в аспарагин в различных организмах с известными полными геномами.

    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli нет из 4 необходимых ферментов найдены гены только для одного
    Haemophilus influenzae Rd KW20 нет не напйдно ни одного гена для ферментов этой цепочки
    Methanococcus janaschii нет Метаболической карты для этого организма не существует.
    Arabidopsis thaliana нет из 4 необходимых ферментов найдены гены только для одного
    Homo sapiens да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций