Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск в словарях GO

главный сайт консорциума GO: http://www.geneontology.org,

Была задана локализация белка в митохондрии. Поиск слова "mirochondrion"
и применение фильтра "cell component" решили задачу.


• Идентификатор GO: GO:0005739
• Онтология: cellular component - клеточный компонент
• Описание: Митохондрия: полуавтономная, самореплицирующаяся органелла,которая встречается в разном
  количестве, формах и размерах в цитоплазме практически всех эукариотических клеток. Главный центр тканевого дыхания.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Проанализирован белок человека GPX6_HUMAN

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	cellular component	1	Находится с внешней стороны плазматической мембраны(во внеклеточном пространстве)
Зачем, для чего?	biological process	2	уменьшение уровня кислорода(оксидации)
Молекулярный механизм?	molecular function molecular function	2 1	Катализ реакции: 2 glutathione + H2O2 = oxidized glutathione + 2 H2O связывание селена
Специфичность?	biological process	9	ответ на оксидативный стресс

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом организма Bos taurus ;. Результаты поиска в UniProt, 22.05.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	5646
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	2520
В том числе в митохондрии	116	((([swissprot-Organism:bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:GO:0005739*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	96	((([swissprot-Organism:bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:EXP*]) | ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:IDA*])) | ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:TAS*])))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	80	((([swissprot-Organism:bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & ((((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:EXP*]) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:TAS*])) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:IDA*])) | ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:IDA*]) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:TAS*])) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:EXP*]))) | ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:TAS*]) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:EXP*])) ! ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:IDA*]))))

 Так как тур-высокоорганизованное животное, оно имеет соответствующий размер протеома,и соотношение митохондриальных белков с остальными. В то же время оно отнеосительно хорошо изучено, и как результат 80 записей из 116 с хорошими доказательствами функции.