([uniprot-ID:RT16_*] & [uniprot-Taxonomy:Eukaryota*])
Результаты поиска:
| Unipro ID | Uniprot AC |
| RT16_BOVIN | P82915 |
| RT16_CAEEL | Q10129 |
| RT16_DROME | Q9V6Y3 |
| RT16_HUMAN | Q9V6Y3 |
| RT16_MOUSE | Q9CPX7 |
| RT16_NEUCR | P08580 |
| RT16_PONAB | Q5REY4 |
| RT16_SCHPO | O43020 |
| RT16_YEAST | Q02608 |
Домен белка человека RT16_HUMAN имеет доменную структуру следующего вида:
По данной выборке было построено выравнивание с помощью программы muscle , а так же взято выравнивание
PFAM. Выравнивание muscle оказалось более удачным(визуально) и именно оно было выбрано для
дальнейшей работы.
По полученному выравниванию был получен нормализованный профиль. От обычного он отличался другими порогами
поиска, а так же коэффициентами функции для нормализации. Этот профиль использовался
для поиска ортологов среди альфа- и гаммапротеобактерий.
Для поиска гомологичных белков в обеих заданных группах, использовались 4 разных порога указаны в таблице.
GO:0003735 - идентификатор означающий что белок является структурной единицей рибосомы.
Поиск по индентификатору клеточный компонент не нужен, так как если белок является частью рибосомы то он в любом случае является клеточным
компонентом.
Были получены следующие результаты поиска:
Альфапротеобактерии
| Порог | 30 | 10 | 6 | 5 |
| Общее количество находок | 0 | 76 | 75 | 138 |
| С GO:0003735 | 0 | 74 | 74 | 74 |
Гаммапротеобактерии
| Порог | 30 | 10 | 5 |
| Общее количество находок | 0 | 136 | 319 |
| С GO:0003735 | 0 | 136 | 136 |
Так как нужно чтобы найденные белки были желательно все рибосомальные, был выбран порог 6 для альфа- и 10 для гаммапротеобактерий.
Распределение нормированных весов находок в протеомах 2-х групп бактерий
Визуально можно сделать вывод что у альфапротеобактерий средний вес больше,т к график сдвинут вправо.
По данным описательной статистики,у них медиана равна 19,2;среднее 19,14. У гаммапротеобактерий соответственно 18 и 18,6 -
эти данные подтверждают предварительный вывод о том,что альфапротеобактерии ближе к белкам из эукариот. Файл Excel
Статистика Вилкоксона
Вилкоксон=1,151E4, Z=-8,951, Значимость=0, степ.своб = 74,135 Гипотеза 1: <Есть различия между медианами выборок>Эти результаты вместе с описательной статистикой и гистограммой указывают на то что вероятно альфапротеобактерии ближе к митохондриальным белкам эукариот.
- Описание выборки в виде таблицы:
Группа источников рибосом Число последовательностей альфапротеобактерии 75 гаммапротеобактерии 136 фирмикуты 6 митондрии 9
- Филогенетическое дерево(рекнструкция методом максимального правдоподобия,пакет PHYLIP)
К последовательностям разных групп добавлены метки AB(альфапб.),GB(Гаммапб.>,F(Фирмикуты) и M(Митохондр.)
- Файлс попарными эволюционными расстояниями по Джуксу-Кантору.
Распределение попарных эволюционных расстояний между митохондриальными белками и белками из альфа-
и гаммапротеобактерий отражено на диаграмме.
Судя по гистограмме, количество гаммапротеобактерий с небольшими расстояниями больше, равно как и далеких.Но следует учесть что гаммапротеобактерий было в 2 раза больше,и в целом данные гистограммы не противоречат остальным данным.