Занятие 5. Предсказание генов(зачетное)

1)  Из программ пакета BLAST была выбрана программа blastp по следующим причинам
--- getorf может выдавать рамки в транслированном виде 
--- для поиска гомологов используется blastp
--- поиск выполняется по базе БЕЛКОВ е.coli




 2)   Гипотетические гены во фрагменте 1-10000

3'------[<=ген gadC,592-314]-----------------------------------------------------------------------[<=ген gadA,5523-5068]-------------------[<=ген yeeJ1,6986-6459]--------- -- - - ---- ---- ----5'


5'----------------------------------------------------[=>ген yeeJ2, 2212-3093]-------------------------------------------------------------------3' 

Перекрывания генов нигде не обнаружено. Интересно что гены  yeeJ1 и yeeJ2 имеют общего гомолога. . Если бы обе находки были на одной цепи тогда можно было бы предположить дупликацию домена
 ( pfam показал множество вариантов архитектуры при котором домен дуплицируется по нескольку раз)но так как данные 2 находки находятся на разных цепях,данное
 предположение теряет смысл.  gadA и gadC также вероятно являются реальными генами т.к.довольно хорошо выравниваются.(gadA c e-value 0).

    расположение генов в E.coli.

3'------[<=ген gadC,1566978-1568513]-----------------------------------------------------------------------------------[<=ген gadA,3664203-3665603]---------------- -- - - ---- ---- ----5'


5'------------------------------------------------------[=>ген yeeJ, 2042935-2050038]-----------------------------------------------------------------3' 

Между этими же генами в Е.соли огромные расстояния в 450000 п.н. и более.