Таблица. Контакты разного типа в комплексе 7kD_DNA_binding

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	1	21	22
... остатками фосфорной кислоты	3	0	3
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	0	0
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	4	3	7

Интересно что с большой борозкой не найдено ни полярных ни гидрофобных взаимодействий. Остов же образует множество
гидрофобных взаимодествий. За специфичность должны отвечать полярные взаимодейсвия,особенно заряженных остатков Наиболее
интересным показался остаток аргинина№42,так как если верить расмолу,этот остаток образует полярное взаимодействие как с
остовом, так и с атомами основания из малой бороздки.
См рис: белым цветом выделены кислороды 2'дезоксирибозы,синим-остатки
оснований,направленных в малую бороздку.

Описание функций исследованного белка

ЮAC белка в Uniprot: P13123, Q4JCI7. Это днк-связывающий домен,состоящий из 2 частей:
DNA-binding protein 7a (7 kDa DNA-binding protein a) DE (Sac7a); DNA-binding protein 7b (7 kDa DNA-binding protein b).
7Kda днк-связывающий домен входит в семейство гипертермофильных архебактериальных днк-связывающих доменов
и эндорибонуклеаз P2. Согласно выравниваниям Pfam,выбранный осаток аргинина является консервативным во всем
семействе.

Сравнение результатов с nucplot

Результаты во многом совпали,хотя конечно nucplot дал гораздо более полный отчет о взаимодействиях. В частности он
подтвердил и "двойную" роль 42 аргинина,а также участие во взаимодействии 26 аланина и др. , которое предполагалось
по результатам измерения расстояний.