Занятие 8. Структура тРНК

 
     

.

    •  Получен PDB код 1asz
    •  В записи PDB описана структура комплекса из Saccharomyces cerevisiae, в состав которого входит аспарагиновая тРНК,ее фермент-синтаза,а также 2 АТФ.
    Комплекс содержит 2 молекулы тРНК,для анализа выбрана цепь R
     
  2.  Последовательность тРНК:
    UCCGUGA-U-A-GUUPSU-A-A-H2U-G-G-H2U-C-A-GAAU-GGGCGC-PSU-U-G-U-C-1MG-C
    -GUGCCA-G-A-U-5MCGGGG-5MU-PSU-C-A-A-U-U-CCCCG-UCGCGGA-G-C-C-A
    В посл-ти следующие нестандартные основания:
    PSU     PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
    H2U     5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
    1MG     1N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
    5MC     5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
    5MU     5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
    ATP     ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
    а также пропущен 47 номер
    Начало и конец цепи(601-676) 


  3.  Надено 3 спирали с длинами 14,12 и 1 (изолированная пара оснований)
     
  4.   последовательность команд, использованная для создания картинки:
    load 1ASZ.pdb
    restrict *:r
    wireframe off
    backbone 100
    define hel1 601-607:r,672-666:r
    define hel1 601-607:r,672-666:r
    define hel1 601-607:r,672-666:r
    define hel4 610-613:r,622-625:
    select hel1
    color red
    select hel2
    color blue
    select hel3
    color green
    select hel4
    color yellow
    select U601:R.P
    label %r
    select A676:R.P
    label %r
    Получена картинка:
    •  примеры внеспирального стекинг-взаимодействия между основаниями:

      - U659:R--U660:R
      - C674:R--C675:R

    •   Водородные связи между основаниями,не сводящиеся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований:
      - C668R.O6 и U605R.N3(расстояние 2.8А)
      - C668R.N1 и U605R.02
    Cпирали РНК похожи на А-форму,т к имеется пространство в центре,а также по характеру расположения оснований.
     
  5.  Программа einverted нашла лишь один инвертированный участок
     Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
      48 cgggg 52      
         |||||
      64 gcccc 60
    это соответствует куску первой спирали указанной find_pair. Возможно такое различие объясняется
    тем что einverted не учитывает при предсказании стекинг-взаимодействия и неканонические водородные
    связи.
     
  6.   Mfold выдала хорошее предсказание при P=20
    Оно оказалось третьим в выдаче (см картинку)