Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO


Ramachandran Plot statistics


                                         No. of
                                        residues     %-tage
                                         ------      ------
Most favoured regions      [A,B,L]          142       91.0%          
Additional allowed regions [a,b,l,p]         14        9.0%          
Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      0        0.0%          
Disallowed regions         [XX]               0        0.0%          
                                           ----      ------
Non-glycine and non-proline residues        156      100.0%

End-residues (excl. Gly and Pro)              4

Glycine residues                             10
Proline residues                              7
                                           ----
Total number of residues
Нет ни одного остатка в нежелательной области, причем 91% остатков (кроме Gly&Pro) в самой предпочтительной области. Так что Procheck-проверку структура белка прошла.

Пространственный R-фактор записи 1IWL


C помощью сервиса EDS были выявлены остатки с большим z-score по RSR их 26: возьмем например 26 ASP RSR=0.403,Z-score=5.177778, R-value=0.626.
Большое значение RSR означает необычно маленькое значение электронной плотности для данного остатка, на изображении показана эл. плотность уровня 1.

Оптимизация WHAT_CHECK

R-values etc.
	From PDB header	Calculated from data	After conservative optimisation	After full optimisation
R	0.2220			0.2177			0.1569					0.1555
R-free	0.2490			0.2439			0.2054					0.2076
(sigma)R-free	 		0.0049			0.0042					0.0042
R-free Z-score	 		14.82			5.40					4.40
Все показатели значительно улучшены. 
WHAT_CHECK validation			
					Original PDB entry		Conservatively optimised	Fully optimised
1st generation packing quality1		0.739					0.683			0.725
2nd generation packing quality1		-1.484					-1.503			-1.258
Ramachandran plot appearance1		-0.601					0.100			0.083
Chi-1/Chi-2 rotamer normality1		-0.862					-0.615			-0.171
Backbone conformation1			-0.134					-0.152			-0.056
Bond length RMS Z-score2			0.288					1.013			0.994
Bond angle RMS Z-score2			0.579					0.876			0.908
Total number of bumps3			31					32			38
Unsatisfied H-bond donors/acceptors3	9					7			8

1 Higher is better
2 Should be lower than 1.000
3 Fewer is better
Улучшились почти все показатели, кроме последних двух (количество "трясок", невзаимодействующие потенциальные доноры или акцепторы водородных связей).
©Мараховская Александра,2010