1. На рисунке ниже изображена поверхность контакта между двумя молекулами димерного белка.
2. Здесь изображена поверхность ДНК, взаимодейсвующая с белком.
3. На этом изображении показана поверхность контакта белка, взаимодействующая с ДНК.
Площадь поверхности контакта
Площадь поверхности контакта, посчитанная с помощью сервиса PROTORP.
Protein Interface Parameter
Value
Interface Accessible Surface Area (?2)
2580.19
% Non-Polar Atoms Contribution to Interface
44.09
Гидрофобные кластеры структуры 1QPZ
C помощью программы ClustD были определены гидрофобные кластеры мужду мономерами белка.
Серым обозначены атомы углерода, а желтым - серы.
Домены
1. Поскольку мой белок 1IWL имеет всего один домен, за исключением выдачи программы
Dodis (которая поделила белок на два домена 1-84 и 85-182), я взяла другой белок -
дефосфо-коэнзим А киназу (1jjv).
3 метода (pdb, dp, puu) выявили 2 домена, остальные определили один домен.
Ниже представлена доменная структура, выявленная dp.
По моему мнению здесь один домен.
2. Для цепи пуринового репрессора было полученно три ваианта доменной структуры:
-один домен(dhcl, ddomain)
-два домена(scop)
