Укоренение в среднюю точку

Дерево, построенное методом neighbor-joining, было укоренено в среднюю точку при помощи программы retree.
Скобочная формула дерева была скопирована в файл intree (без расширения).
Далее была запущена программа retree: 
Tree Rearrangement, version 3.69
Settings for this run:
  U          Initial tree (arbitrary, user, specify)?  User tree from tree file
  N   Format to write out trees (PHYLIP, Nexus, XML)?  PHYLIP
  0               Graphics type (IBM PC, ANSI, none)?  IBM PC
  W       Width of terminal screen, of plotting area?  80, 80
  L                        Number of lines on screen?  24
Are these settings correct? (type Y or the letter for one to change)
Нажал кнопку Y(подтверждение), затем M (Midpoint root the tree/ Укоренение в среднюю точку).

Полученное дерево:



Сравним с правильным деревом:

Укоренение произошло в ветвь: {VIBFM, VIBCH, SALTY, ECOLI} против {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA}. Бетапротеобактерии оказались на одной ветви с Альфа-, а не с Гамма-.

Дерево, построенное методом максимальной бережливости, укоренить нельзя, так как этот метод не выдает длин ветвей (не учитывает существование молекулярных часов).
Дерево, построенное методом UPGMA, укоренять нет смысла, т.к. UPGMA уже выдает укорененное дерево.

Использование аутгруппы

В качестве аутруппы был взят белок семейства энолаз из сенной палочки (Bacillus subtilis, BACSU).
Его последовательность была добавлена к файлу с невыровненными последовательностями.
proteins.fasta
Последовательности были выровнены программой muscle и поданы на вход программе fprotpars.
Полученное дерево было обработано программой retree, в качестве аутгруппы был выбран лист BACSU.

Результат:


Для описания результата отбросим лист BACSU. Укоренение произошло в ветвь:
{BURCA, RALPJ} против {ECOLI, SALTY, VIBCH, VIBFM, BRAJA, RHIEC}.
На этот раз Альфа- оказались на одной ветви с Гамма- (правильный вариант: Бета- вместе с Гамма-).

Бутстрэп

Программой fseqboot было создано 100 бутстрэп-реплик выранивания белков протеобактерий
proteins_aligned.fseqboot.
По полученным репликам были созданы деревья программой fprotpars proteinsfseqboot.fprotpars.
Для создания единого дерева файл с деревьями был подан на вход программе fconsense proteins_aligned.fconsense.
Полученное дерево: 
                              +------ENO ECOLI
                       +100.0-|
                       |      +------ENO SALTY
                +100.0-|
                |      |      +------ENO VIBCH
                |      +-93.5-|
         +100.0-|             +------ENO VIBFM
         |      |
         |      |             +------ENO RALPJ
  +------|      +-------100.0-|
  |      |                    +------ENO BURCA
  |      |
  |      +---------------------------ENO BRAJA
  |
  +----------------------------------ENO RHIEC
Реконструкция филогении улучшилась по сравнению с результатом программы fprotpars. Полученное дерево полностью совпало с правильным деревом! За всю работу это единственное полученное мною правильное дерево!
Тривиальные ветви получили 100% поддержки (представлены всегда).
Ветви, не получившие большинства:
1. {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA, VIBFM} против {VIBCH, SALTY, ECOLI} - не верная, поддержка 4%.
2. {RHIEC, BRAJA, RALPJ, BURCA, VIBCH} против {VIBFM, SALTY, ECOLI} - не верная, поддержка 2,50%.

Назад