Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса_______(название белка)____и______(название фрагмента ДНК)_________

    Краткое описание структуры в файле 1LQ1.pdb

    В файле приведены координаты атомов следующих молекул:
    Фрагмент двойной цепи ДНК - 2 молекулы;
    Stage 0 sporulation protein A - 4 цепи.
    Молекулы были выделены из организма BACILLUS SUBTILIS.

    Для исследования были выбраны A-цепь белка и цепи E и F, представляющие ДНК со следующей последовательностью:

    цепь E [1]   5' - ttcgtgtcgaattttg - 3' [16] 
                   |||||||||||||||
цепь F [130] 3' - agcacagcttaaaaca - 5' [115]

    Функции белка, структура которого представлена в файле 1LQ1.pdb

    Выполняет центральную регуляторную функцию в процессе споруляции. Может являться проводящим элементом, ответственным за активацию генов споруляции в ответ на пищевое раздражение. SpoOA может действовать совместно с spoOH (сигма-фактором) для выделения генов, необходимых для осуществления процесса споруляции. Является репрессором abrB, активатором оперона spoIIa. Связывает последовательность ДНК 5'-TGNCGAA-3'.

    Источник - UniProt. (http://www.uniprot.org/uniprot/P06534)

  1. Исследование структуры ДНК

    2. С помощью программ find_pair и analyze определите тип формы ДНК. Определите средние значения торсионных углов для внутренних нуклеотидов (для всех, кроме краевых). Найдите самый "кривой" нуклеотид со значениями торсионных углов, наиболее отклоняющимися от средних. Файл Excel прикрепите к отчету. В кратком резюме укажите, насколько по вашему мнению связывание с белком приводит к деформации ДНК.

  2. Исследование природы ДНК-белковых контактов

    3. Приведите результаты выполнения задания 8, упр.2:
    1) скрипт my_dna.def, в котором определены множества атомов, необходимые для выполнения упр.2;
    2) заполненная таблица из упр.2.;
    3) в кратком резюме опишите свои наблюдения.

  3. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    4. Приведите использованную команду и полученную картинку. Сравните схему на картинке с вашими результатами из п.III

  4. Возможный(е) распознающий(е) контакт(ы)

    5. Укажите, контакт какого аминокислотного остатка с каким нуклеотидом представляется вам хорошим кандидатом на роль распознающего контакта. Приведите обоснование вашего выбора. Приведите картинку, полученную с помощью RasMol, на которой изображены выбранные контактирующие остатки.

  5. Характеристика ДНК-связывающего домена ___(UniProt ID)________

    6. С помощью инструментов Pfam определите доменную структуру белка из исследуемого комплекса. Приведите картинку, иллюстрирующую доменную структуру. Приведите полное название ДНК-связывающего домена и его краткую аннотацию в InterPro.
Назад