Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механикиСуть задания состоит в расчёте точечных зарядов на атомах этана, построении файла топологии (этот файл содержит описание ковалентных и нековалентных взаимодействий), расчёте энтальпии испарения для нахождения оптимальных параметров для описания Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.1. Определение точечных зарядов. Входной файл - результат оптимизации этана. С помощью набора скриптов RED на Perl получаем файл с координатами и зарядами атомов. 2. Создаём файл с описанием молекулы этана в формате пакета программ GROMASS. 3. Наша следующая задача промоделировать испарение этана. Первое состояние системы соответствует газовой фазе, где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем. Вторая система имеет такую же плотность как и жидкий этан. Наша задача провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем, определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами и сравнить её с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль. Будем использовать скрипт, рассчитывающий значение epsilon для водорода, запускающий программы gromacs для проведения молекулярной динамики и g_energy для расчёта энергий Ван-дер-Ваальсовых и Кулоновских взаимодействий. 4.Результат: Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия: epsilon жидкая газовая 1.00000 -267.541 -0.000226777 .12500 -28.8355 -0.000158061 .03703 -8.25613 -0.000141376 .01562 -2.62198 -0.000134444 .00800 -2.91346 -0.000130805 .00462 -2.26362 -0.00012861 .00291 -0.980166 -0.000127178Кулоновские взаимодействия для обоих фаз намного меньше. Поэтому для оценки энтальпии можем учитывать только VdW взаимодействия в жикой фазе, вносящие наибольший вклад. Таким образом, epsilon водорода лежит в диапазоне от 0.01562 до 0.03703. Назад |