SCOP и CATH

1. Классификация доменов записи 1OCX согласно SCOP

  • 3 идентичных домена О-ацетилтрансфераза мальтозы, каждый занимающий по цепи белка
  • класс - все бета-белки
    укладка - одноцепочная левозакрученная бета-спираль
    суперсемейство - тримерные ферменты, подобные LpxA
    семейтсво - подобные ацетилтрансферазе галактозы
  • в данном суперсемействе - 8 семейств, 4 суперсемейства имеют данную укладку

    Классификация доменов записи 1JHF согласно SCOP

    1. репрессор LexA, N-концевой ДНК-связывающий домен

  • расположен на остатках 2-72 цепи А, идентичный домен - в записи 1JHH
  • класс - все альфа-белки
    укладка - 3 спирали, связывающие ДНК/РНК
    суперсемейство - ДНК-связывающие домены, содержащие небольшой бета-лист ("крыло")
    семейтсво - репрессор LexA, N-концевой ДНК-связывающий домен
  • в данном суперсемействе - 84 семейства, 14 суперсемейств имеют данную укладку

    2. LexA С-концевой домен

  • расположен на всей цепи B и остатках 73-198 цепи А, идентичный домен - в записи 1JHH
  • класс - все бета-белки
    укладка - LexA/сигнальная пептидаза
    суперсемейство - LexA/сигнальная пептидаза
    семейтсво - относящиеся к LexA
  • в данном суперсемействе всего 2 семейства, укладка характерна только для этого суперсемейства

    2. Классификация доменов записи 1OCX согласно CATH

    CATH определил домены 1ocxA00/1ocxB00/1ocxС00

  • расположены на цепи А/B/C белка 1OCX, а.о. 2-183
  • Классификация по CATH: 2.160.10.10.1.2.2.1 .1/.2/.3
  • Класс - в основном бета белки, архитектура - 3 соленоид, топология - UDP N-ацетилглюкозамино ацилтрансферазы, суперсемейство - белки с гексапептидным повтором (включает в себя 16 семейств, 2 суперсемейства имеют данную топологию).

    Классификация доменов записи 1JHF согласно CATH

    1/2. 1jhfA01/1jhfB00

  • расположены на цепи А/B белка, а.о. 80-198/75-199
  • Классификация по CATH: 2.10.109.10.1.1.1.1 .2/.1
  • Класс - в основном бета белки, архитектура - лента (ribbon), топология и суперсемейство - фрагмент Umud, субъединица A (суперсемейство включает в себя 4 семейства, суперсемейств с такой же топологией больше нет).

    3. 1jhfA02

  • расположен на цепи А белка, а.о. 2-70
  • Классификация по CATH: 1.10.10.10.37.1.1.1.1
  • Класс - в основном альфа, архитектура - ортогональный узел, топология - мутант репрессора Arc, субъединица А , суперсемейство - ДНК-связывающий домен репрессора "крылатая спираль" (суперсемейство включает 174 семейства, 37 суперсемейств имеют такую же топологию).

    3. Отличия

    1OCX

    Оба сервиса показали наличие трех доменов, расположенных на цепях А, В и С, однако их классификация полностью различается, единственное сходное упоминание встречается в описании функции белка - ацилтрансфераза.

    1JHF

    SCOP обнаружил 2 домена - А:2-72 и В:73-198, CATH идентифицировал 3 домена - А:2-70, А:80-198, В:75-199, из них доменам SCOP более или менее однозначно отвечают два домена CATH.
    Для них классы определены одинаково, для первого домена с цепи А одинаково определено суперсемейство (ДНК-связывающие домены репрессоров, содержащие бета-лист), укладка и топология не совпадают.
    Для второго домена с цепи В классификации различаются полностью.

    4. Структурное выравнивание доменов с одной укладкой по SCOP , но из разных суперсемейств.

    Выбранная укладка - Zincin-like (содержит смешанный бета лист со связью через свободную сторону листа).
    Выбранные домены: 
    1. Домен цинк-протеазы из Streptomyces caespitosus (запись 1c7k, цепь А)
Суперсемейство - металлопротеазы ("zincins"), каталитический домен

    2. Бета-N-ацетилгексозаминидаза, N-концевой домен из Streptomyces plicatus (запись 1jak, фрагмент А:8-150)
Суперсемейство - домены, подобные Бета-N-ацетилгексозаминидазе
    Для создания выравнивания воспользуемся командой super PyMol:
    *желтым цветом обозначен первый домен, голубым - второй
    *RMS = 3.827 (что уже плохо)





    Неплохо наложились друг на друга 2 альфа-спирали, бета-листы также оказались по соседству, а вот остальная часть совмещения "прихрамывает", хотя в целом наблюдается сходство этих структур.

    А вот как справилась с этим совмещением программа FATCAT:
    *RMSD = 2.7



    На этот раз совпали 2 альфа-спирали, но в совмещении абсолютно не учтены бета-тяжи (а они являются главной характерной особенностью выбранной укладки, так что в нашем случае выравнивание, построенное командой super, больше соответствует действительности, чем гибкое выравнивание).

    Назад