Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены

1. Изображения поверхностей контактов биологической еденицы димера пуриновых репрессоров записи 1JH9

изображение поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера

hide all
create object, chain a+b+c+d
select contacts, chain a and (chain d around 5.0)
remove chain b+c+d
bg_color white
show ribbon, chain a
show surface, contacts
set transparency, 0.5
set surface_quality, 2
ray 
png

изображение поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт

-||-
select contacts, chain a+d and (chain b+c around 5.0)
remove chain b+c
-||-

изображение поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

-||-
select contacts, chain b+c and (chain a+d around 5.0)
remove chain a+d
-||-

2. Cервис PROTORP

По данным сервиса PROTORP, площадь контакта мономеров белка 1JH9 - 2592.85 ангстрем^2,
на гидрофобные взаимодействия приходится 44.19% площади.

3. Cервис CluD

Пользуясь сервисом CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка 1JH9 объёмом не менее 10 атомов.
Выдача сервиса (обнаружено 14 кластеров).
Кластеры размером менее 10 атомов были удалены вручную (осталось всего 5 кластеров).

На данном изображении поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом.

4. Cервис pDomains

доменная структура белка 1OCX: метод DHcL выдает по 1 домену для каждой цепи, остальные ничего не находят;

доменная структура цепи А белка 1JH9:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1JH9A1	2-58
	1JH9A2	59-160 , 291-322
	1JH9A3	161-290 , 323-339

SCOP	1JH9A1	1-57
	1JH9A2	58-339

pdp	1JH9A1	1-51
	1JH9A2	52-156
	1JH9A3	157-339

DHcL	1JH9A1	1-117
	1JH9A2	118-339

dp	1JH9A1	1-57
	1JH9A2	58-155
	1JH9A3	156-339

DDomain	1JH9A1	1-339

NCBI	1JH9A1	1-45
	1JH9A2	58-160 , 293-340
	1JH9A3	161-292

PUU	1JH9A1	1-57
	1JH9A2	58-157 , 294-318
	1JH9A3	158-293 , 319-339

Как мы видим, варианты разбиения на домены различаются координально: число доменов в них варьируется от одного до трех, некоторые методы выдали домены с чередованием участков, некоторые - нет.
Изобразим некоторые из них:

1. вариант pdp (dp практически идентичен ему, за исключением одной аминокилоты)

2. CATH (вариант, кажущийся мне наиболее адекватным, сходен с PUU)

3. NCBI

4. SCOP

vv

Назад