Rambler's Top100
Назад, на главную страницу
Первый семестр
Internet

Задание. Найти в Интернете сведения, позволяющие ответить на вопрос, почему для секвенирования был выбран данный организм.
Pseudomonas fluorescens strain Pf-5

Bacteria
Proteobacteria
Gammaproteobacteria
Pseudomonadales
Pseudomonadaceae
Pseudomonas
Систематика Pseudomonas fluorescens strain Pf-5, жирным выделено сродство с E.Coli – оказывается, это бактерии родственные.
Общий вид бактерий. Масштаб – 1 мкм. Ясно видны флагеллы.
(http://genome.jgi-psf.org/finished_microbes/psefl/psefl.home.html)
Сканирующая электронная фотография, автор Дженис Карр (Janice Carr)
(http://www.cat.cc.md.us/courses/bio141/labmanua/lab1/empseudo.html)
Pseudomonas fluorescens Pf-5 обитает в ризосфере многих растений и функционирует как биологический контролирующий агент, подавляя несколько заболеваний растений, вызываемых передающимися через почву микроорганизмами. Pf-5 продуцирует большой спектр вторичных метаболитов, включая несколько антибиотиков. Выбор P. fluorescens Pf-5 в качестве объекта генетического секвенирования был обусловлен важностью Pf-5 как биологического контролирующего организма, его важностью для корневой системы растений, обширным набором антибиотиков и метаболитов, им производимых и его статусом модельного объекта естественного происхождения для исследований в области генетического регулирования. Происхождение Pf-5 было описано в ранней истории
биологических исследований по контролю
(Хоуэлл и Степанович 1979, 1980), и это был первый биологический контролирующий агент, для которого были показаны химические основы подавления заболеваний. Геном успешно секвенирован в 2005 году:

Paulsen I.T., Press C.M., Ravel J., Kobayashi D.Y., Myers G.S.A., Mavrodi D.V., DeBoy R.T., Seshadri R., Ren Q., Madupu R., Dodson R.J., Durkin A.S., Brinkac L.M., Daugherty S.C., Sullivan S.A., Rosovitz M.J., Gwinn M.L., Zhou L., Schneider D.J., Cartinhour S.W., Nelson W.C., Weidman J., Watkins K., Tran K., Khouri H., Pierson E.A., Pierson L.S. III, Thomashow L.S., Loper J.E.; "Complete genome sequence of the plant commensal Pseudomonas fluorescens Pf-5."; Nat. Biotechnol. 23:873-878(2005). http://www.ars-grin.gov/ars/PacWest/Corvallis/hcrl/Pf5genome/index.htm
Текст с сайта http://www.ars-grin.gov/ars/PacWest/Corvallis/hcrl/Pf5genome/Intro.htm, перевод мой.
Acyrthosiphon pisum (Гороховая тля)
Тип Arthrapoda
Класс Homoptera
Подотряд Aphidinea
Надсемейство Aphidoidea
Семейство Aphididae
Подсемейство Aphidinae
Триба Macrosiphini
Подтриба Macrosiphina
Род Acyrthosiphon
Общий вид.
Колония апид (http://www.genoscope.cns.fr/externe/...)
Синоним
Acyrthosiphon pisi Kalt.
Биологическая группа
Олигофаги – вредители зернобобовых.
Морфология и биология
Тело бескрылой девственницы светло-зеленое эллипсоидной формы, длиной до 5 мм. Усики светлые, длиннее тела. Ноги зеленые, концы бедер, голеней и лапки черные. Трубочки цилиндрические, равны одной третьей длины тела, зеленые и только у вершины буроватые (с крышечкой на самой вершине). Хвостик светлый, конусовидной формы с 8-12 волосками; по длине равен половине трубочек. Глаза красные. У крылатой самки усики длиннее, чем у бескрылой, а трубочки короче. Яйца черного цвета удлиненно-овальной формы. Зимует в стадии яйца на прикорневых частях многолетних бобовых трав. В южных районах возможна зимовка имаго. В жизненном цикле происходит чередование полового и бесполых поколений. Период преимагинального развития составляет, в среднем, 8-15 дней. В зоне основной вредоносности массовое отрождение личинок самок-основательниц обычно наблюдается в апреле. Вредитель питается сначала на многолетних бобовых травах, а затем на зернобобовых культурах (горох и др.). Насекомые предпочитают для питания верхние листья и верхнюю часть стебля, при этом могут образовывать большие колонии. Бескрылые партеногенетические самки живут 30-50 дней, а плодовитость одной самки достигает 70-120 личинок. При созревании зернобобовых культур происходит ремиграция особей на многолетние бобовые травы. В конце сентября - октябре появляются полоноски, которые живородят самцов и самок. Откладка зимующих яиц происходит в октябре- ноябре. Плодовитость самок составляет 8-10 яиц. Яйца откладываются на листья и прикорневую часть стебля.
Распространение
Насекомое широко распространено в Европе, Азии, Африке, Северной и Южной Америке, Японии. На территории бывшего СССР распространен повсеместно: к северу вплоть до 67° с.ш., в Сибири, на Дальнем Востоке, в Средней Азии, Казахстане, на Кавказе, в Закавказье и т.д. Значительная вредоносность проявляется в лесной, лесостепной и степной зонах России.
Экология
Эмбриональное развитие наблюдается при температуре 4,5°С. Сумма эффективных температур, необходимая для развития первого поколения составляет 108-180°С. Интенсивное заселение зернобобовых культур тлями в зоне их наибольшей вредоносности наблюдается в конце мая – июне; максимальная численность отмечается в начале июня в южных регионах б. СССР, в конце июня - начале июля - в северных. Для развития тли оптимальными условиями являются среднесуточная температура 18-22°С и относительная влажность воздуха 60-70%. Вид обладает холодостойкостью, выдерживает температуру до -6°С; обладает также полиморфизмом. Встречаются как зеленые, так и розовые морфы насекомого. В южных частях ареала обитания объекта (Средняя Азия, Казахстан) высокая численность тлей наблюдается только при орошаемом земледелии. Массовому размножению особей предшествуют годы с умеренно теплым влажным летом и влажной осенью. На территории СНГ вредитель дает 10-20 поколений в год. Известны природные энтомофаги из семейства Coccinelidae: Coccinella septempunctata L., C. notata Host. ; из семейства Syrphidae: представители родов Syrphus, Melanostoma и другие; из семейства Chrysopidae C. carnea Steph. Среди паразитов важнейшими являются представители семейства Braconidae (роды Aphidius, Ephedrus).
Хозяйственное значение
Наибольший ущерб приносит гороху, люцерне, клеверу и другим многолетним бобовым травам. Всего повреждает более 100 видов бобовых культур (клевер, чину, вику, эспарцет и др.) Защитные мероприятия: своевременный прогноз сроков появления и численности вредителя, борьба с растительными остатками, обработка инсектицидами в мае-июне.
Секвенирование генома
В данный момент ведётся начальная стадия секвенирования генома этого насекомого, точнее, некоторых его участков из головы (длинной 10 тысяч пар оснований), антенны ( 5 тыс.) и пищеварительных гландов. Интересно, что кроме генома самого насекомого также было проведено секвенирование его бактерии-симбионта (http://www.expasy.org/sprot/hamap/BUCAI.html).
Текст, кроме последнего раздела, взят с http://www.agroatlas.spb.ru/..., как и первая фотография.

Информация о секвенировании генома взята с http://www.genoscope.cns.fr/...
Неофициальный сайт ФББ МГУ
Список страниц моих однокурсников
©Янков Максим aka GolerGkA