3D

Назад, на главную страницу
Первый семестр
Общие сведения о белке 3d-структура Вторичная структура Область связывания лиганда

Описание пространственной структуры Btuf_ecoli по данным банка PDB, код 1n4a.

Общая характеристика белка
Белок состоит из 244 а.о., состоит из двух выраженных доменов по обоим сторонам от сайта связывания и спирали, связывающей эти домены. В модели содержится две субъеденицы белка, но они не связаны между собой и in vivo белок, судя по всему, не образует таких комплексов.

1N4A.pdb
Для просмотра трёхмерной структуры необходима программа Rasmol или любое другое совместимое ПО.

Изображение белка, полученное в Rasmol

Зелёным цветом окрашена цепь A в структурной модели, жёлтым – цепь B, красным – молекулы витамина B12 в шарико-палочковой модели. Рисунок также подписан собственными средствами Rasmol.

Скрипт, созданный для демонстрации белка

reset
select
label off

echo Rasmol script, demonstrating Btuf_ecoli periplasmic binding protein.
echo

#
#Итоговые результаты анализа
#

define Chain_a 1-5000

define Vitamin               Chain_a and CNC

define HbondProt   within (3.5, Vitamin) and protein and not occupied
define HBondVit    within (3.5, HBondProt) and Vitamin
define HOHbondHOH  within(3.5, Vitamin) and within(3.5, Protein) and HOH
define HOHbondProt within(3.5, HOHbondHOH) and protein and not HbondProt 
define HOHBondProt HOHBondProt and not occupied
define HOHBondVit  within(3.5, HOHBondHOH) and Vitamin

define donor donor and not (cnc.n21,cnc.n22,cnc.n23,cnc.n24,cnc.n1b,cnc.n3b)
define donor donor,cnc.o4,cnc.o5,cnc.o8r,cnc.07r,cnc.o6r,cnc.o2,cnc.o3

define HBondProt             HBondProt and (donor or acceptor)
define HOHBondProt           HOHBondProt and (donor or acceptor)
define HBondVit              HBondVit and (donor or acceptor)
define HOHBondVit            HOHBondVit and (donor or acceptor)
define HOHBondHOH            HOHBondHOH  and within(3.5,HOHBondProt)
define HOHBondHOH            HOHBondHOH  and within(3.5,HOHBondVit)
define HOHBondProt           HOHBondProt and within(3.5,HOHBondHOH)
define HOHBondVit            HOHBondVit  and within(3.5,HOHBondHOH)
define cont_Btuf_CNC         Arg224,Asp220,Glu223,Asn143,Trp174,Trp44,Ser27,Ser8,Trp63,Asp86,Tyr28,Pro9,Trp63
define cont_Btuf_CNC_Direct  Arg224,Asp220,Glu223                                           ,Tyr28
define cont_Btuf_CNC_VDW                                                                           Pro9,Trp63
define AA1                                                                                              Trp63
define AA2                                 Glu223
define Domain1               1-105:A
define InterDomain           106-129:A
define Domain2               130-244:A
define BindAtomsProt         asn143.o,trp174.o,glu223.oe2,asp220.od1,asp86.od1,arg224.nh2
define BindAtomsProt         BindAtomsProt,ser8.og,trp63.ne1,ser27.og,trp44.o,tyr28.oh
define BindAtomsVit          cnc.o7r,cnc.n33,cnc.o51,cnc.o39,cnc.n52,cnc.o44,cnc.n1a
define BindAtomsVit          BindAtomsVit,cnc.o58,cnc.n62,cnc.n40,cnc.n62,cnc.034
define BindAtomsVit          BindAtomsVit and vitamin
define VDW_Prot              Trp63a.cz3,Pro9a.cd
define VDW_Vit               (atomno == 3897),(atomno == 3841)

#
# Исполняемая часть
# (не используется соответсвтенный def файл для того, чтобы не зависеть от абсолютного пути, который у проверяющего может быть
   другой)

restrict :A,Vitamin,HOHbondHOH

# Выделяем белок плавными изящными линиями.
select :A
trace

# Раскрашиваем по кусочкам.
select Domain1
color green
echo First domain is green.

select InterDomain
color pink
echo Inter-domain helix is pink.

select Domain2
color blue
echo And second one is colored blue.

# Окрашиваем витамин
select Vitamin
wireframe 50
color cpk
select selected and carbon
color yellow
echo Vitamin is standart colored. Mind purple cobalt in the center.

# Окрашиваем остатки, связывающиеся с лигандом
select Cont_Btuf_CNC
wireframe 50
color brown
select Cont_Btuf_CNC_Direct
color red
select Glu223
color orange
echo Binding suspects are colored brown, most important contacts are red, Glu223 is orange.

# Ну и скрываем весь остальной и нам совершенно не нужный белок.
select :A and not (Cont_Btuf_CNC,VDW_Prot)
wireframe off

#Подкрашиваем воду
select HOHBondHOH
cpk 100
color cyan
echo Water is cyan

# Наконец, обозначаем атомы связывания
select BindAtomsProt,BindAtomsVit
cpk 150
color cpk
echo B12 H-bond binding atoms are standart colored and are rather fat.

# Настройка изображения

background green

#
#Начало раскадровки
#

echo
echo Executing demo image sequence.

# Изображение всего белка помельче

select HOHbondHOH,Vitamin,:A

rotate z 88
rotate y -66
rotate x 43
translate y 10
translate x -50
zoom 60
        
select Vitamin,HOHBondHOH,Cont_Btuf_CNC
dots
select :A
cpk true

select ala1.ca
label Btuf_ecoli periplasmic binding protein
set fontsize 14
set fontstroke 3

echo
echo Protein overview with actual atom sizes.
echo Look around and press the key.

pause

select
dots off

select :A
cpk off

echo
echo Trace overview.
echo Press any key (space bar).

pause

# Изображение всего белка покрупнее

translate x 0
zoom 160

select atomno == 3873
label B12 Vitamin

select Lys56.nz
label First domain

select Ala126.cb
label Inter-domain alpha-helix

select Gln204.oe1
label Second domain

echo
echo Protein overview - detailed.
echo When done, press the key again.

pause

select Protein
wireframe off
#Изображаем атомные радиусы у атомов, участвующих в Ван-Дер-Ваальсовом взаимодействии
select VDW_Prot,VDW_Vit
cpk true
color pink
echo Van-Der-Waals contacting atoms are shown in the Wan-Der-Waals radius and are pink.

pause

select Vitamin,Trp63
cpk true

select Protein
wireframe off

select Domain1
color green
select Domain2
color blue

select Trp63
color red

select Vitamin
color yellow
     
zoom 390
translate y 0

select
dots off

echo
echo Binding site.
echo You have to press any key to see further.

pause

rotate z 180

echo
echo View from the back.

echo The end.

Скопировать текст в буфер обмена 1n4a.spt

Этот скрипт создан для демонстрации белка и сайта связывания витамина с белком в Rasmol.

Список страниц моих однокурсников