Протокол занятия 7

Анализ и сравнение различных структур ДНК

A-форма B-форма Файл dna34.pdb
Тип спирали (правая или левая) правая правая правая
Шаг спирали 28.02 33.75 34.31
Число оснований на виток 11 10 9
Ширина большой бороздки C20B.P-T7A.P: 7.98 T27B.P-T3A.P: 17.21 A17B.P-A5A.P: 15.18
Ширина малой бороздки G5A.P-A30B.P: 16.8 T23B.P-A14A.P: 11.69 +A21B.P-T8A.P: 9.45

Данная ДНК dna34 (файл dna34.pdb) больше всего похожа на В-форму по ширине большой и малой бороздки (ширина малой бороздки меньше ширины большой, и эти значения близки к соответствующим для В-формы).

Aнализ всех трёх структур ДНК с помощью программ find_pair и analyze


Результат анализа программ можно увидеть здесь (значения торсионных углов для всех форм ДНК).
Сравнение торсионных углов:
Значения торсионных углов для обеих цепей каждой формы одинаковы. Как видно положительные значения имеют только углы β, δ, γ. Более близкие значения для разных форм ДНК имеют углы γ, ε. Для остальных углов значения заметно отличаются.

Анализ полученных структур с помощью программы pdb2img


Слева представлены изображения структур (в виде стопочных модолей) с торца, справа - изображения структур сбоку (получены с помощью команды rotate_mol).
А-форма ДНК

B-форма ДНК

ДНК из файла dna34.pdb

Вернуться на страничку третьего семестра

© Головкина Мария Сергеевна