На главную страницу четвертого семестра
Митохондриальная цепь переноса электронов. (mitochondrial electron transport chain; GO:0005746)
Онтология GO: cellular component: компонент клетки.
Белковые комплексы, которые формируют митохондриальную систему переноса электронов. Комплексы I, III и IV могут переносить протоны, будучи погружены в ориентированную мембрану, например, во внутренюю мембрану митохондрий.
| Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | Данные EcoCyc | |
|---|---|---|---|---|
| Где? | - | - | - | - |
| Зачем, для чего? | metabolic process | 6 | Процессы, которые вызывают многие химические изменения в организме, в частности анаболизм и катаболизм. Обычно это превращения маленьких молекул, однако также сюда относятся такие макромолекулярные процессы, как репарация и репликация ДНК, а также синтез и деградация белка. | Катализ первой стадии реакции расщепления токсического вещества оксалата, которое, как считается, является одним из продуктов катаболизма аминокислот. |
| Молекулярный механизм? | 1 CoA-transferase activity 2 transferase activity 3 protein binding catalytic activity |
1.0 2.0 3.14 4.1 |
1. Перенос группы CoA с одного структурного фрагмента (донора) на другой (акцептор). 2. Катализ переноса группы с оного структурного фрагмента (обычно рассматриваемого как донор) на другой (обычно рассматриваемый как акцептор). 3.Селективное взаимодействие с любым белком или белковым комплексом. Катализ биохимической реакции при физиологических температурах. | - |
| Специфичность? | - | - | - | Кофермент A |
То, что назначение этого фермента приписано к "метаболическим процессам" - утверждение столь же бесспорное, сколь и бесполезное.
Про молекулярный механизм функционирования фермента совершенно верно сказано, что он заключается в CoA-трансферазной активности.
В качестве лиганда белка указан только другой белок. Я подозреваю, что имеется в виду взаимодействие со второй субъединицей того же белка (рабочая форма представляет собой гомодимер, это подтверждает EcoCyc). Про CoA вообще ничего не сказано.
Поиск белков митоходриальной цепи переноса электронов (см. пункт 1) из Danio rerio в UniProt. Результаты поиска 18.03.2007.
| Количество записей | Запрос | |
| Всего | 20411 | (([swissprot-Organism:Danio*] & [swissprot-Organism:rerio*]) | [swissprot-Organism:Danio rerio*]) |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 4009 | ((([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) | [uniprot-Organism:Danio rerio*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: F: P: C:*])) |
| В том числе белков дыхательной цепи | 3 | ((([uniprot-Organism:Danio*] & [uniprot-Organism:rerio*]) | [uniprot-Organism:Danio rerio*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:0005746*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO:0005746 C: F: P:*])) |
| В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 0 | |
| В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 0 |
Как видим, в Uniprot с белками митохондриальной цепи переноса электронов дело обстоит плохо. Мало того, что белков, которым приписана соответствующая функция GO, есть всего 3, так у них встречаются только сомнительнае обоснования IEA - электронная аннотация. Видимо, белки митохондриальной цепи переноса электронов никогда не изучались на Danio rerio.
НА графе есть примеры связей типа is a: например, связь между понятиями CoA-transferase activity и transferase activity. Понятно, что первое является частным случаем второго. Отношение типа is part of видим на примере связи понятий biological process и Gene Ontology. Понятие онтологии гена предполагает в частности и биологический процесс, с которым связан продукт гена. Однако, онтология конкретного гена вовсе не обязательно должна содержать такой пункт.