Определение паралогов и ортологов в семейтсве глобинов.
Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов

В качестве контрольной группы использованы миоглобины, они отмечены красным. Как можно заметить на этом дереве можно выделить 3 основные ветви. Одна из них Миоглобины. По поводу двух других есть несколько идей:

1. 1. На одной ветви (что снизу) показаны альфа субъединицы гемоглобина или его бетта субъединицы, тогда вверху соответсвенно либо бетта, либо альфа субъединицы. Тогда деление внутри этих ветвей можно отнести к образованию двух альфа и двух бетта субъединиц. Тогда возникает несколько вопросов: если вверху почти все ясно кроме Human’a, стоящего между малыми ветвями. Правда можно предположит, что это зародышевый белок. Тогда получаем неторое недоразумение внизу. Там не получается проследить разделение на 2 субъединицы. Заметно «разделение» у xenopus’a и chicken’a, у остальных, похоже, гемоглобин остался с тремя субъединицами (но можно сослаться, что дерево не очень полное...). Тогда возникает большой вопрос с danio (обведен в фиолетовый кружок). По моему мнению, он относится к «темно синей группе», хотя этотт вопрос до конца не ясен.
2. 2. Вторая идея немного менее правдоподоюна, но не лишина смысла. Заключается в том, что на нижней ветви, только зародышевые белки, а на верхней одна группа – это альфа субъединицы, а вторая – бетта субъединицы.

Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки – ортологи). Археи показаны на рисунке зеленым цветом, фиолетовым обозначены Proteobacteria, синим – Thermotogae и голубым – Firmicutes. Надо заметить, что белки разбиваются по таксономическим группам довольно точно (как видно на дереве). Исключения составляют бактерии. Они расположены на дереве в разнобой. Это вызвано несколькими причинами. Во-первых: это не очень хорошо изученая группа с неясной таксономией внутри себя, а во-вторых: возможен вариант параллельного переноса, но установить это не представляется возможным. Вот так!