Карта Рамачандрана
Работа с программами Rasmol и Excel
|
PDB ID:1PII |
Структура этого фрагмента выглядит как альфа-спираль.
Для второго из них "phi"=-64,6°±11,6°,"psi"=-39,6°±14,7°.
Структура этого фрагмента выглядит как альфа-спираль.
Для третьего из них "phi"=-105,8°±37°,"psi"=136,4°±25,5°.
Структура этого фрагмента выглядит как бетта-тяж.
Область находящаяся в верхней части третьего координатного угла-это аминокислотные остатки, относящиеся к альфа-спиралям. Она имеет найбольшую плотность по сгущению точек, так как альфа-спирали имеют весьма ограниченный набор разрешенных конформаций.
Вторая обльсть,находящаяся во втором координатном углу, это бета-тяжи. Листы имеют большее число разрешенных конформаций, поэтому плотность точек в области сгущения не такая высокая, как у альфа-спиралей. Еще надо отметить, что в зависимости от взаимрнаправленности тяжей, сгущения точек смещаются, разрешенные конформации немного меняютя.
В первом координатном углу(он обозначен цветом),находятся точки,не образующие каких-либо сгущений. Остатки соответствующие этим точкам лежат в петлях соединяющих элементы вторичной структуры, и, как выяснилось, принадлежат в основном глицину. Это не ложно объяснить. Глицин имеет самый маленький боковой радикал, поэтому ему легче всего примать конформацию с положительными углами.
Еще можно сказать что мой белок представлен ограниченым числом элементов вторичной структуры: альфа-сприралями и ветта-тяжами. Возможно есть одна или две 3/10-сприрали.