Работа с системой PubMed

1. Поиск статей, упоминающих конкретный белок.

У белка с кодовым именем "His8_Ecoli" два названия: "histidinol-phosphate aminotransferase" и "imidazole acetol-DE phosphate transaminase". Для поиска по базе данных "PubMed" я использовал первое из них.

Было найдено 36 статей, упоминающих это название. Результаты поиска сохранены в файле query1.txt .

2. Просмотр аннотаций к статьям, поиск публикаций автора.

Для просмотра аннотаций я взял четвёртую статью из результатов предыдущего поиска: "Characterization of histidinol phosphate aminotransferase from Escherichia coli". Аннотация к статье сохранена в файле abstract.txt .

От последнего автора этой статьи (Kagamiyama H.) за последние три года в "PubMed" не поступало публикаций. Зато от предпоследнего (Hirotsu K.) их было 9 штук. Результат поиска сохранён в файле query2.txt .

3. Поиск по разговорному названию болезни, отсеивание результатов, вывод с аннотациями.

Поиск шёл по слову "shringles" (опоясывающий лишай). Я также ограничил его заголовками статей (shingles[Title]). Было найдено 199 вхождений, из которых большинство оказались вопросами любознательных. Чтобы убрать лишнее, я потребовал (во вкладке "Limits") наличия аннотации. Количество результатов поиска сократилось до 48. Первые двадцать из них (с аннотациями) сохранены в файле query3.txt .

После более тщательного осмотра ("Details") выяснилось, что вместо слова "shingles" можно использовать более научное название ("herpes zoster" по правилам TIAB и MeSH), что PubMed и делает с успехом.