В банке ProSite был найден один паттерн для белка RS9_BACSU - PS00360 (RIBOSOMAL_S9):
[GS]-G(2)-x(2)-[GSA]-[QK]-x(2)-[SA]-x(3)-[GSA]-x-[GSTAV]-[KR]-[GSALVD]-[LIFV]
Паттерн (PS00360) выделяет семейство рибосомальных белков S9 которые входят в состав малой субъединицы. В центральной части белков данной группы содержится много консервативных заряженных остатков, именно поэтому в качестве паттерна был выбран именно он.
Количество ложных находок: 0
Количество ненайденных последовательностей: 11
Точность: 100%
Чувствительность: 98.51%
Для создания паттерна было создано две выборки белков. Из семейства Firmicutes и контрольная. Лист файл
Последовательности данных белков были выровнены и записаны в fasta файл.
В отделе Firmicutes паттерном PS00360 было найдено 147 записей. При помощи моего паттерна:
[FY]-D-X(3)-[NR]-V-x(1)-G(3)-x(2)-G-Q-x(2)-A-[VI]-R-[HL]-G-[VI]-x(1)-R-A-L-[VIL]
по всей базе данных было найдено 169. Сравнение данных показало, что правильно идентифицировано - 121 последовательность.
Мой паттерн имеет следующие характеристиками:
Чувствительность = TP / (TP+FN)=84%
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)=24%
Недопредсказание = FN / (TP+FN)=15%
Создание паттерна:
- Нашел участок с высокой консервативностью и консервативностью только по семейству Firmicutes.
- Построил очень сильный паттерн для данного участка, затем постепенно ослаблял его
- Редактировал паттерн удаляя и добавляя необходимые последовательности
