Моделирование эволюции гена(доп)

1. Повторение обязательного упражнения 1 задания 3, с использованием jackknife вместо bootstrap.

   fseqboot mutant.fasta -test j -auto
   fdnaml mutant.fseqboot -ttratio 1 -auto
   fconsense mutant.treefile
   

                                 Сравнение
             jacknife                                 bootsrap
   
   DCEFBA                                   DCEFBA
   ...***                     100.00        ....**                     100.00 
   ....**                     100.00        ...***                     86.00  
   ..****                     98.00         ..****                     69.00  
                         
   			Не вошедшие в дерево ветки 
   
   .*.***                      2.00        .*.***                     24.00
   					..*.**                      6.00
   					.*.*..                      6.00
   					..**..                      6.00
   					.**...                      2.00
   					.**.**                      1.00
   	
                              Консенсусное дерево.
   
     +----------------------------------D                              +------A
     |                                                          +100.0-|
     |      +---------------------------C                +-86.0-|      +------B
     +------|                                            |      |
            |      +--------------------E         +-69.0-|      +-------------F
            +-98.0-|                              |       |
                   |      +-------------F  +------|      +--------------------E
                   +100.0-|                |      |
                          |      +------A  |      +---------------------------C
                          +100.0-|         |
                                 +------B  +----------------------------------D
   

   В алгоритме Jacknife практически во всех 100 вариантах встречаются ветки оригинального дерева. Значит Jacknife более качественный.
2. Программа fretree.

   
   fretree 6 mut.treefile mut.fretree
   

   Укоренение в центральной точке (команда M). Запись в файл mut.fretree ( команды W, R).

   (B:0.12606,((F:1.13235,((C:0.35718,D:0.34575):0.03498,E:0.42297):0.09197):0.21602, A:0.22230):0.12606);

3. Создание изображение переукорененного дерева из предыдущего упражнения как филограммы( изгибы веток под прямым углом), ориентированной вправо. Для этого использовалась программа fdrawgram с опцией -style( стиль дерева) и -p( параметр филограммы).

   

4. Восстановление методом максимального правдоподобия предковой последовательности для мутированных последовательностей и сравнение её с реальной предковой последовательностью.

   программa fdnamlk:

   fdnamlk mutant.fasta mutant.fretree m.fdnamlk -ttratio 1 -hypstate 
   

   hypstate отвечает за построение предковых последовательностей. Процент идентичности 63% выравнивание. Значит по листьям очень сложно определить исходную последовательность.