PDB-код:1owr.
В файле с биологической единицей с сайта Macromolecular Structure Database EBI. Выделенна один участок ДНК и часть белка входящая в контакт.
В файле PDB(4 одинаковых участка ДНК и белок(симметричный)NFAT1 соединенный с ними.)
Контакты разного типа в комплексе 1OWR.
| Полярные | Гидрофобные | Всего | |
| Контакты белка с ... | |||
| ... остатками 2'-дезоксирибозы | Атом ДНК:O5*.T4005 с атомами белка O.ARG430, C.ARG430 Атом ДНК:O3*.G4006 с атомoм белка NH2.ARG665 Атом ДНК:O4*.T4005 с атомами белка CZ.ARG537, NH1.ARG537, NH2.ARG537 Атом ДНК:O4*.T013 с атомами белка CZ.ARG537, NH1.ARG537, NH2.ARG537 |
Атом ДНК:C2*.C4004 с атомами белка CA.GLY431, N.GLY431 Атом ДНК:C3*.C004 с атомами белка CA.GLY431, N.GLY431 |
Белок соединяется с ДНК к остаткам сахаров 4 полярными и 2 гидрофобными связями. |
| ... остатками фосфорной кислоты | Атом ДНК:O2P.C4004 с атомами белка OG.SER429, CB.SER429 Атом ДНК:O1P.G4007 с атомaми белка NH2.ARG665, CZ.ARG665, NE.ARG665 Атом ДНК:O1P.T5010 с атомами белка CG2.THR426, OG1.THR426 Атом ДНК:O2P.T5010 с атомами белка CG2.THR426, OG1.THR426 Атом ДНК:O1P.T5008 с атомами белка CA.LYS538, N.LYS538 Атом ДНК:O2P.T5007 с атомами белка CA.LYS538, N.LYS538, NH2.ARG572 Атом ДНК:O2P.T5009 с атомами белка CZ.TYR424, CE2.TYR424, OH.TYR424, NZ.LYS520 Атом ДНК:O1P.T5009 с атомами белка CGA.ASN523, OD1.ASN523, CB.ASN523, N.ASN523, CA.ASN523, C.ASN523 |
Атом ДНК:P.C4004 с атомами белка CG2.ILE479, CA.GLY431, N.GLY431 Атом ДНК:P.T4005 с атомами белка CA.GLY431, N.GLY431 |
Белок соединяется с ДНК к остаткам фосфорной кислоты 8 полярными и 2 гидрофобными связями. |
| ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | Атом ДНК:N7.G4006 с атомом белка NH1.ARG430 Атом ДНК:O6.G4006 с атомом белка NH2.ARG430 Атом ДНК:N7.G4007 с атомом белка NH1.ARG421 Атом ДНК:O6.G4007 с атомом белка NH2.ARG421 Атом ДНК:N4.C5011 с атомом белка OE1.GLU427 Атом ДНК:N6.A4008 с атомом белка OE1.GLN571 |
Атом ДНК:C5M.T4005 с атомами белка O.GLY428, C.GLY428, CA.GLY428, N.GLY428 | Белок соединяется с ДНК к остаткам азотистых оснований большой бороздки 6 полярными и 1 гидрофобной связью. |
| ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | Контактов нет | Контактов нет | Контактов со стороны азотистых оснований малой бороздки нет |
Специфические контакты только в азотистых основаниях. Контактов в малых бороздках у меня нет.
Значит специфические могут быть среди контактов с азотистыми основанями со стороны большой бороздки.
Скрипт файл
На рисунке изображены контакты белка с остаткам азотистых оснований большой бороздки ДНК 6 полярными (связь между атомами выделенными желтым и синим)
и 1 гидрофобной связью (связь между атомами выделенными белым и зеленым).
Есть два остатка, которые через два атома соединяются с ДНК: ARG421 и ARG430 выберем ARG421 (изображен в шарнирной модели).
В Pfam для NFAC2_HUMAN найдено два домена RHD и TIG:
Rel homology domain - RHD(PF00554):
Белки, содержащие домен (RHD) - факторы транскрипции. RHD состоит из 2 структурных beta-barrel субдоменов, похожих на иммуноглобулин. Домен взаимодействует с ДНК в большой бороздке
N-терминальный домен похож на домен из р53, фактора транскипции.
Семейство таких доменов, в свою очередь, является частью Beta-sandwich ДНК-связывающих доменов
С помощью Pfam было получено выравнивание домена
IPT/TIG domain - TIG(PF01833):
Такие домены похожи по структуре на иммуноглобулины.
Эти домены найдены в клеточных мембранных рецепторах, таких так метиониновые и тирозинкиназные рецепторы RON; также эти домены встречаются в качестве внутриклеточных факторов транскрипции, они связываются с ДНК.
На сегодняшний день это семейство включает очень мало представителей.
С помощью Pfam было получено выравнивание домена
Выбранный остаток аргинина действительно является консервативным
Построение схемы контактов белка с ДНК nucplot выдал:
 |
 |
 |
На главную страницу семестра |