Программы построения глобального и локального выравнивания

    

  1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов) FABG_ECOLI и FABG_VIBCH.
Выравнивание в needle и water абсолютно одинаковы, вероятно из-за того, что выравниваемые
 последовательности обладают довольно высокой степенью идентичности (81.6%)
 


  2. Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки кусочек FABG_ECOLI и сам FABG_ECOLI.
Выравнивания в needle и water одинаковы, отличие в показе выравнивания(water не показывает начальные и конечные гепы).
Matcher в первой альтернативе показывает второй найденный кусочек, во второй - первый,
а в третей найдено соответствие из какой-то части, путем замены.   



  3. На полученных выравниваниях видно как меняются выравнивания в зависимости от штрафов за гэпы.
needle пытается уменьшить общий вес а.о. замен.
    
При высоком штрафе за гэп needle(10_1) needle выравнивает целый кусочек(т.к. лучше сделать много штрафов за замену, чем мало за гэп)
    
Второй вариант точно выровнял мое разбиение последовательности на кусочки needle(5_1) (штраф за гэп ниже и needle делает их в большом количестве)
    
В третем варианте последовательность почти целая, гэпов довольно мало needle(1_1) 


  4. Получил карты локального сходства последовательностей из myprot.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher.
Изображение полученное при относительно среднем значении порога на точность(10.00) и мальеньком размере окна(3) dotmatcher.ps.
Изображение полученное при относительно большом значении порога на точность(23.00) и большом размере окна(10)dotmatcher1.ps. Этот случай наиболее хорошо отображает мое выравнивание. 
Изображение полученное при относительно большом значении порога на точность(23.00) и мальеньком окна(3)dotmatcher2.ps. 
Изображение полученное при относительно маленьком значении порога на точность(1.00) и и большом размере окна(10)dotmatcher3.ps.

       

    • Размер окна меняет длину выравниваемой последовательности:
    при маленьком размере окна и стандартном пороге на суммарный вес ничего не показывается.   

    • Порог на точность меняет число совпадений в выравниваниях данных последовательностей:
    при маленьком пороге на точность и большом размере окна число полосок становится очень большим.
На главную страницу семестра

©Goryanin Ignat 2005