Practice 12

Семейства доменов.

Доменная организация белка Lexa_Ecoli

На схематичном изображениии и пространственной структуре белка зеленым цветом отмечен N-концевой домен PF01726, а красным - домен PF00717. Изображение пространственной структуры построено на основании файла 1JHF банка PDB. Отходящие от домена PF00717 на схеме розовые квадратики обозначают расположение функционально важных остатков, согласно БД Pfam:
Cхематичное изображение доменной структуры Lexa_Ecoli

Cхематичное изображение доменной структуры Lexa_Ecoli

Домены, отмеченные на пространственной структуре Lexa_Ecoli

Домены в последовательности Lexa_Ecoli.

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности Lexa_Ecoli
PF01726	1leb	Lexa-ДНК связывающий домен	1-65
PF00717	1umu	Пептидаза типа S24	114-182

Описание N-концевого домена белка Lexa_Ecoli

Краткая характеристика домена PF01726.

N-концевой домен белка Lexa_Ecoli (PF01726) является ДНК-связывающим доменом Lexa репрессора, который блокирует экспрессию генов отвечающих за репарацию ДНК. Домен содержит участок типа HTH ДНК-связывающего мотива.

Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01726.

Таксон		Количество белков с доменом PF01726
Эукариоты	Растения	Не найдены.
	Грибы	Не найдены.
	Животные	Не найдены.
Бактерии		464
Археи		2

Всего известно 472 белка с доменом PF01726. Домен PF01726 обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами. Случаи дупликации домена PF01726 не известны (во всех "архитектурах" домен PF01726 встречается только по одному разу, но обычно в сочетаниях с другими доменами) . Случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF01726 не известны.

Мотивы в аминокислотной последовательности Lexa_Ecoli по данным БД InterPro

Изображение подписей в белке Lexa_ecoli.

Мотивы в белке Lexa_Ecoli по данным БД InterPro.

Название подписи	Положение в последовательности Lexa_Ecoli	Полное название базы данных	Название организации, поддерживающей данную БД.	Город и страна
LEXASERPTASE	111-121; 122-133; 150-162	PRINTS	-	-
LexA_DNA_bind	1-65	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Кэмбридж, Англия.
lexA	1-201	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	Роквиль, США
Pept_S24_S26_C	80-202	Gene3D	University College London	Лондон, Англия
Peptidase_S24	114-182	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Кэмбридж, Англия
Wing_hlx_DNA_bd	1-70	Gene3D	University College London	Лондон, Англия
Pept_S24_S26_C	73-198	SuperFamily	University of Bristol Stanford University University of Texas at Austin	Бристоль, Англия Стэнфорд,США США
SSF46785	1-72	SuperFamily	University of Bristol Stanford University University of Texas at Austin	Бристоль, Англия Стэнфорд,США США