Электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным

    Все картинки были получены в PyMol.
    Использовалась команда isomesh new_map, map, 1.0, resi 58-63, 2.5 , где
    new_map - имя нового объекта с изображением поверхности
    map - имя объекта с электронной плотностью
    1.0 - уровень (значения электронной плотности, по которым строится поверхность)
    resi 58-63 - множество, электронную плотности вокруг которого надо изобразить
    2.5 - необязательный аргумент – "buffer". Если задать ему значение,то наименьший параллелепипед будет расширен на 2.5 ангстрема в каждую сторону

  1. Электронная плотность 58-63 а.о. цепи А белка PerR_Bacsu, уровень 1.0



  2. Электронная плотность 59 а.о.(валина) цепи А белка PerR_Bacsu


    3. Желтым обозначена электронная плотность на уровне 1.5, фиолетовым - на уровне 1.0

  3. Электронная плотность 60 а.о.(тирозина) цепи А белка PerR_Bacsu


    4. Желтым обозначена электронная плотность на уровне 1.5, фиолетовым - на уровне 1.0

  4. Электронная плотность 61 а.о. (аспарагина) цепи А белка PerR_Bacsu


    5. Желтым обозначена электронная плотность на уровне 1.5, фиолетовым - на уровне 1.0, белым - на уровне 0.3

    Как видно из картинок, выбранные остатки хорошо вписаны в электронную плотность.
    Можно заметить, что больше всего электронная плотность сосредоточена у электроотрицательных атомов (например, тирозин).

    Седьмой семестр
    © Чернецова Даша