Поиски в базах данных

Ссылка базу данных Дизайн Поиск Особенности последлвательности
(features)
Информация о последовательности
(sequence information)
MRS Дизайн простой, причем есть возможность его менять. Мало ссылок на другие странички сайта, нет иллюстраций. Поиск позволяет искать только по нескольким базам данным. Есть информация о вторичной структуре белка (α-спирали,β-листы, домены), указана длина стуктуры. Последовательность записана в декады а.о. Декады записаны в 6 столбцов (формат PIR)
SRS
Дизайн средний, но самый подробный. Множество ссылок на другие странички. Множество различных страниц, функций, настроек(выбор автора, года, ID, базы данных, поиск по статьям и т.д.) позволяющих сделать поиск более точным и более удобным. Содержит такую же информацию, как и на MRS. Также снабжен иллюстрациями. Позволяет смотреть последовательность в различных форматах.
UniProt Дизайн самый лучший. Ссылок не так уж много,но и не мало. Поиск подробнее, чем в MRS, но менее подробно, чем в SRS. Содержит информацию о вторичной структуре, но её меньше чем SRS и MRS. Так же как и SRS содержит иллюстрации о вторичной структуре белка. Позволяет просмотреть последовательность только в двух форматах: FASTA,PIR.

II Задание
а) Найдено 8 таксонов начинающихся на "gam":
gambusia, gammacoronavirus, gammaherpesvirinae, gammalipothrixvirus, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
б) английский эквивалент таксона Гамма-протеобактерии=gammaproteobacteria
в) в банке SwissProt 120605 записи, описывающих белки из гамма-протеобактерий


III Задание

Запросы, позволяющие найти белки выполняющих функцию, сходную с функцией белка PERR_Bacsu

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
... ... ...
... ... ...
... ... ...
... ... ...

IV Задание
Последовательности а.о. белков, найденных по последнему запросу, в формате Fasta




Второй семестр
© Чернецова Даша