Примеры разных контактов в молекуле белка PERR_BACSU (PDB ID 2FE3).
1. Пример гидрофобного контакта:
Между остатками фенилаланина нет гидрофобных контактов.Наименьшее расстояние между двумя остатками фенилаланинов 8.10А (между PHE86 и PHE66)
Здесь рассмотрен пример гидрофобного контакта лейцина(13 а.о цепи А).Расстояние между взаиможействующими атомами LEU13:A.CD1 и LEU28:A.CD1 3.66A.
2. Примеры водородных связей.
2.1. Связь между О-О:
На рисунке показано взаимодействие 97 а.о. тирозина и 107 а.о. тирозина.Расстояние между взаимодействующими атомами кислорода - 3.38А
2.2. Связь между О-N:
На рисунке показано взаимодействие 137 а.о. глутамина и 141 а.о. лизина.В данном случае взаимодействуют атомы остова.Расстояние между взаимодействующими атомами кислорода и азота - 3.00А
3. Пример дисульфидного мостика:
В моем белке нет сульфидных мостиков,поэтому здесь показаны сульфидные мостики в инсулине(их 6).
Дисульфидные мостики - желтые.
Атомы Серы - желтые шарики.
Атомы Азота - фиолетовые.
Атомы Кислорода - красные.
Атомы Углерода - серые.
Первый семестр