Построение электронной плотности вокруг а.о. белка MNTR_BACSU
Карта электронной плотности для остатков:
• Met_15 - пример остатка, который хорошо вписан в электронную плотность
• Lys_135 - пример остатка, который плохо вписан в электронную плотность
серым цветом - уровень подрезки = 2.5
оранжевым - уровень подрезки = 1.0
У лизина электронная плотность с более высоким уровенем подрезки не видно.
Определение параметров элементарной ячейки
Все необходимые параметры указаны в pdb- файле белка.
CRYST1 50.120 46.020 73.560 90.00 92.72 90.00 P 1 21 1 4
Длины сторон параллелепипеда:
а = 50,120 Å
b = 46,020 Å
c = 73,560 Å
Углы между сторонами:
α = 90 °
β = 92,72 °
γ = 90 °
Символика Hermann-Mauguin:
тип центровки ячейки Р = primitive
1 - порядок поворотной оси
21 - обозначение винтовой оси с переносом вдоль оси (т.е.поворот на 180 ° и сдвиг на 1/2 трансляции)
1 - некая ось Z
4 - значение Z (т.е. число полипептидных цепей в элементрной ячейке)
Изображение окружения белквой молекулы
Для выяснения числа белковых молекул, которые соседствую с исходным белком по кристаллической решетке на расстоянии менее 5 Å была использована команда в PyMol:
symexp neib, 1ON1, (1ON1), 5.0
В результате было получено изображение
Исходный белок покрашен оранжевым цветом, а его окружение - различными оттенками фиолетового.
Молекула белка имеет 6 соседей, вероятно, упаковка кристалла не очень плотная.
Работа с файлом структурных факторов белка MNTR_BACSU (PDB ID = 1ON1)
С сайта PDB был скачан файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного эксперимента.
Помимо информации:
• _audit,revision_id 1_0
• _audit,creation_date 2003-07-15
• _audit,update_record 'Initial release'
Файл содержит таблицу с 9-тью столбцами:
• _refln,index_h - значение индекса Миллера h, характеризующий рефлекс
• _refln,index_k - значение индекса Миллера k, характеризующий рефлекс
• _refln,index_l - значение индекса Миллера l, характеризующий рефлекс
• _refln,F_meas_au - измеренное значение структурного фактора в условных единицах
• _refln,F_meas_sigma_au - стандартное отклонение от измеренного значения структурного фактора в условных единицах
• _refln,status - такой статус рефлекса в некой классификации, который указывает на то, был ли данный рефлекс включен (использован) при уточнении и расчете R-факторов
• _refln,wavelength_id - идентификатор длины волны рентгеновского излучения
• _refln,crystal_id - идентификатор в категории EXPTL_CRYSTAL, которая содержит информацию о кристалле (форма, размер, плотностьи т.д. )
• _refln,scale_group_code - идентификатор в категории REFLNS_SCALE, котрая содержит записи о the structure factor scales.
Из содержимого файла определяем:
• число структурных факторов, полученных в эксперименте - 3638
• минимальная измеренная амплитуда рефлекса - 7,15
• максимальная измеренная амплитуда рефлекса - 1248,59
Изображение симметрии кристаллической решетки
Для получения изображения, была выполнена команда в PyMol
symexp neib, 1ON1, (1ON1), 50.0
То есть изображены все соседние белковые молекулы, располагающиеся на расстоянии менее 50 Å
© Евсютина Даша