Работа с записью 2B5A банка PDB
Для данной записи (2B5A.pdb) был получен файл с электронной плотностью данной структуры (2b5a.omap). Глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. В PyMOL были получены изображения глутаминов 21 цепей A и C и поверхностей уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этих остатков.Альтернативные конформации глутамина цепи C обозначены буквами A и B, как в записи PDB. Созданные изображения:
Интересный факт: во всех вариантах глутамина электронная плотность между атомами Cγ и Cδ заметно снижена, а в конформации B глутамина цепи C даже ниже уровня 0.5.
Работа с записью 1I78 банка PDB
Аналогично предыдущему заданию было построено изображение триптофана 44 цепи A из записи 1I78.
PDB-файл: 1i78.pdb.
Файл с электронной плотностью: 1i78.omap.
В изображении представлены поверхности уровней 1 и 0.5.
