Итак, все последовательности, кроме первой, сошлись хотя бы раз в пределах 5 итераций.
"Разрыв" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога,
как правило, медленно увеличивается от итерации к итерации.
Также я проследил за изменениями значения E-value у самой лучшей находки
и у "средней" находки. Оказалось, что E-value у самой лучшей находки увеличивается с каждой итерацией,
а у "средней" уменьшается.
Для первого белка был выполнен повторный поиск, но с порогом E-value 0.001. В этом случае
сошлась третья итерация. Порог 0.001 строже отбирает гомологи, в отличие от порога 0.005, в данном
случае его хватило, чтоб сошлась третья итерация.
Проверяя различные значения порога, я определил, что для того чтобы итерации сошлись,
максимальное значение порога в данном конкретном случае можно поставить равное как раз 0.001.