Биологический смысл выравнивания последовательностей белков

1) Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

Мне было дано пространственное наложение структур частей двух белков (pdb), а также последовательности этих белков в fasta формате (первая 3.fasta и вторая 4.fasta).
Красным цветом окрашена первая последовательность, синим - вторая.

Я построил в GeneDoc выравнивание аминокислотных последовательностей, соответствующее данному пространственному наложению структур (msf):

GENE - идентичные выравненные в пространстве а.о.
GENE - похожие выравненные в пространстве а.о.
GENE - несходные выравненные в пространстве а.о.

---

2) Постройте выравнивание этих же последовательностей программой needle и сравните свое выравнивание с автоматически полученным. Оцените качество работы автоматического выравнивания в данном случае.

Выравнивание последовательностей программой needle (msf):

GENE - идентичные а.о.
GENE - похожие а.о.

Сравнение:

Выравнивание, сделанное программой needle, очень похоже на сделанное мной по наложению пространственных структур. Полностью совпали два крупных участка: со 2 по 35 и с 38 по 71 колонки выравниваний. Участок в моём выравнивании с 77 по 108 колонки не находит отражения в оптимальном выравнивании.
На мой взгляд, оптимальное выравнивание в целом неплохо совпадает с пространственным наложением.