Паттерны и профили

1) Создание паттернов аминокислотных последовательностей

В предыдущей работе было выполнено множественное выравнивание последовательностей белка OMPT_ECOLI и его гомологов.
В формате msf.
Картинка.

Я выбрал фрагмент, для которого создавал паттерны:

Результаты выполнения упражнения представлены в таблице:

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	NAGYYVTPNAKVYVEG	2	нет
Сильный	[ND]-[AI]-G-Y-Y-[VI]-T-[PS]-[NS]-A-K-[IVF]-[FY]-[AVI]-E-[GF]	5	да
Слабый	G-[FY](2)-{DERKH}-[ST]-X(2)-{DERKH}-[KR]-X-[FY]	38	да

Создавая слабый паттерн, я постепенно менял сильный, пока не добился удовлетворяющего меня результата. Вот что я проделывал:

1. Убрал по паре а.о. с концов.
2. Поставил X на тех позициях, где были непохожие а.о.
3. Сделал ослабление за счёт включения похожих а.о., замены которых часто встречаются (F -> [FY], T -> [ST], K -> [RK]).
4. Ослабил гидрофобную позицию [VI] запретом на заряженные а.о. {DERKH}.
5. Ослабил A запретом на заряженные а.о. {DERKH}.

Любопытно, что после четвёртого шага было найдено всего 11 а.о., а после пятого уже 38.

Среди множества бактерий в находках по слабому паттерну также оказались белки ресничного простейшего, окуня, мыши, человека и вируса.

---

2) Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке OMPT_ECOLI

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00834	OMPTIN_1	Аспартил протеаза, подпись 1 семейства omptin	паттерн	W - T - D - x - S - x - H - P - x - T	специфична	1
PS00835	OMPTIN_2	Аспартил протеаза, подпись 2 семейства omptin	паттерн	A - G - Y - Q - E - [ST] - R - [FYW] - S - [FYW] - [TN] - A - x - G - G - [ST] - Y	специфична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	неспецифична	7
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования белковой киназы C	паттерн	[ST] - x - [RK]	неспецифична	6
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозиновой киназы	паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y либо [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	неспецифична	2
PS00009	AMIDATION	Сайт амидирования	паттерн	x - G - [RK] - [RK]	неспецифична	2
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования cAMP- и cGMP-зависимой белковой киназы	паттерн	[RK](2) - x - [ST]	неспецифична	2
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеиновой киназы II	паттерн	[ST] - x(2) - [DE]	неспецифична	5
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	паттерн	N - {P} - [ST] - {P}	неспецифична	3