С помощью программы GeneDoc я выравнивал фрагмент данного мне белка (ompT_Ecoli)
с самим белком (другими словами, искал положение фрагмента). Заданный фрагмент
соответствует позициям 227 – 244 в полной последовательности белка.
Картинка с выравниванием:
2) Построить "наилучшее" выравнивание вручную
В этом задании я выравнивал две короткие последовательности.
Длины этих фрагментов всего 16 и 18 аминокислотных остатков. Длина выравнивания 18 а.о.
Вес выравнивания равен 9.
Вес посчитан по формуле: W = M – nG,Так как всего 11 совпадений и длина выравнивания 18, то процент идентичности выровненных последовательностей равен 11 : 18 = 61%.
где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков.
3) Найти первую с N-конца выравнивания "близкородственную" замену а.о.
Первая близкородственная замена а.о имеется в 11 позиции. В ней стоит Аргинин (R) и Лизин (K).
В соответствии с матрицей весов замен а.о. BLOSUM62 вес этой замены равен 2.
Такой вес для замены вполне логичен, так как боковые группы этих а.о. имеют "ножку" из 3-4 углеродов
и азот на конце. Соответственно, имеют близкие
кислотно-основные и другие химические свойства.
***
1) Определить % сходства выровненных фрагментов.Сходных замен а.о. (т.е. тех, которые имеют положительные веса в матрице BLOSUM62): 13. Длина выравнивания: 18. Поэтому процент сходства выровненных фрагментов равен 13 : 18 * 100% = 72%.
2) Построить иное выравнивание 2-х заданных фрагментом с весом не хуже, чем получилось в обязательном упр.2
В этом выравнивании на одно совпадение больше. Но так как в нём 2 пропуска, а не один,
то, на мой взгляд, оно хуже. К тому же вес равен 8.
3) Придумать, как с помощью функций Excel из матрицы BLOSUM можно получить список замен вида "W-Y вес=...".
Таблица в Excel
Как я понял, необходимо составить формулу для расчёта весов замен а.о. из матрицы BLOSUM
для некоторых имеющихся выравниваний с удобным отображением результатов.
Как пользоваться:
В листе "weight" в ячейки B1 и B2 вписываются выравненные последовательности с гэпами.
В ячейке B4 появляется длина выравнивания.
В столбце A, начиная с ячейки A6, вводятся номера позиций а.о.
в выравнивании, которые нас интересуют.
В столбцах B и С напротив номеров появятся а.о., а в столбце D вес замены (при необходимости
можно прокопировать вниз формулу для расчёта весов).