Поисковые системы

Впечатления от сравнения отображения записи из банка Swiss-Prot в поисковых системах MRS, SRS и поисковой машине UniProt.

Все три поисковые системы достаточно удобны. Они содержат полную информацию записи банка. Информация представлена в виде таблицы, поделенной на разделы.

Но дизайнерское решение поисковой машины UniProt, на мой взгляд, уступает MRS и SRS. Также в системе SRS удачно сделан раздел References, ссылки на статьи в виде картинок облегчают восприятие.

В остальном всё очень похоже, кроме раздела Features, о котором следует поговорить отдельно. В системе MRS нет никакого графического изображения участков цепи, удовлетворяющих записи поля. В UniProt ситуация лучше: на каждое поле своё изображение. Ну а в SRS всё очень наглядно; в одном режиме значения одинаковых полей объединены на одном изображении цепи, к тому же все эти изображения компактно друг под другом расположены; в другом участки взаимоисключающих полей на одном изображении.
В каждой системе можно узнать последовательность участка из поля. Быстрее всего это можно сделать в MRS. Разделы Features и Sequence information умещаются в одном окне, и при нажатии на запись поля в разделе Features выделяется сама эта запись и соответствующий ей участок последовательность в разделе Sequence information.
В SRS при нажатии на поле мы переходим на страницу с текстом в формате записи Swiss-Prot, содержащем краткую информацию участка последовательности и саму последовательность. Также при нажатии на изображение участка, мы переходим на такую же страницу.
В UniProt сочетаются способы отображения первых двух систем, но, на мой взгляд, это реализовано немного менее удобно. При нажатии на изображение или диапазон остатков поля мы переходим к разделу Sequence information с выделенным участком последовательности. И мы можем получить файл с последовательностью участка в формате fasta.


Работа с полем Taxonomy в банке Swiss-Prot.

  • Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
    Ответ:
    • gambusia
    • gammaherpesvirinae
    • gammapapillomavirus
    • gammaproteobacteria
    • gammaretrovirus
    • gammaridea
  • Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
    Ответ: gammaproteobacteria.
  • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
    Ответ: 83513.

Поиск белков, имеющих функции, схожие с функциями моего белка (OMPT_ECOLI).
Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Protease 7
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Protease*] & [swissprot-Description:7]) | [swissprot-Description:Protease 7*]))
3
Protease VII
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-Description:Protease*] & [swissprot-Description:VII*]) | [swissprot-Description:Protease VII*]))
2
Omptin
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:Omptin*])
2
Outer membrane protein 3B
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (((([swissprot-Description:Outer*] & [swissprot-Description:membrane*]) & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:3B*]) | [swissprot-Description:Outer membrane protein 3B*]))
2
"Protease A"
([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:Protease A])
2
Последовательности белков, найденных для первого запроса, в fasta-формате: Protease7

***

1) Найдите статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается Ваш белок. В протоколе приведите строку запроса и количество найденных статей.

Таких статей не было найдено. В таком случае строка запроса не указывается, поэтому приведу значения, которые я искал. Поле Year - "2006:", поле Abstract - "Protease 7".

2) Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах? Каков был круг интересов указанного автора?

Было найдено 27 таких записей для запроса:
([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:ne*fakh,a.a.*]).
Так как я не знаю точного написания фамилии Нейфаха латиницей, то я решил ввести "ne*fakh,a.a." Оказалось, что существует 3 способа написания.

Нейфах увлекался процессами, связанными с белками и нуклеиновыми кислотами эмбрионов различных организмов таких, как рыбы, морские ежи, амёбы, в особенности миграцией РНК в ходе митоза.



© Айдарханов Руслан 2008